为加强松花江底泥沉积物真菌的了解，为松花江流域水生态功能一级二级分区提供依据，本研究对松花江流域底泥真菌数量、多样性进行了系统的分析。本研究用传统的生物分类学技术稀释平板法测定底泥沉积物中可培养真菌浓度，依据可培养真菌浓度的变化规律对松花江流域支流及干流进行分区，并对这种变化规律给出初步解析。此外，本研究分离纯化部分采样点的特异性真菌，通过PCR扩增真菌ITS内转录间隔区域，测定其基因序列以鉴定菌种。为了避免传统方法的局限性，我们采用现代分子生物学技术对底泥沉积物真菌多样性进行研究，先用苯酚/氯仿抽提法提取底泥沉积物中微生物总DNA，再用Nested PCR扩增真菌内转录间隔区ITS1区域，将PCR产物进行聚丙烯变性梯度凝胶电泳，根据电泳图谱分析给出底泥沉积物中真菌群落的多样性指数、均匀度、丰度等真菌群落结构信息，并进性相似性和聚类分析。根据采样点间底泥沉积物真菌群落的相似度对松花江流域进行生物多样性分区。　　 实验结果表明，松花江流域底泥沉积物中真菌可培养浓度具有明显的分区、分段变化规律，在松花江干流及其支流流域、牡丹江流域、嫩江及其支流流域、第二松花江及其支流流域四大区域中嫩江流域具有最高的可培养真菌浓度，而第二松花江流域则最低，其它两个流域居中。松花江流域其可培养真菌浓度总体分布趋势是：支流大于干流、上游大于下游。通过DGGE图谱分析，依据真菌群落相似度的高低即真菌多样性的高低对松花江流域进行了详细的分析，松花江流域真菌总体特征是：局部相似、整体差异。嫩江流域底泥沉积物真菌多样性最高，第二松花江流域和牡丹江流域多样性较低，而松花江干流流域居中。在各流域中部分地区相似度相对较高，支流的分布对流域真菌多样性有着重要的影响。　　 本研究是第一次全面地、系统地调查研究了松花江流域底泥真菌群落结构及其变化情况，为松花江流域生态功能分区提供了底泥真菌指标依据，为后续研究松花江流域环境因子基准提供了底泥真菌数据支持，为国内外研究其他河流水系微生物群落提供了参照。