散发型嗜铬细胞瘤1号染色体拷贝数缺失的研究

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yuanjin123456
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:对散发型的嗜铬细胞瘤病例的全基因组DNA拷贝数异常(Copy number variations,CNVs)进行系统分析,在1号染色体上精确定位发生缺失的染色体片段,从而准确地获得与散发型嗜铬细胞瘤密切相关的染色体区域。为进一步寻找散发型嗜铬细胞瘤的易感基因奠定基础。方法:1、收集我院2010-9至2012-1临床诊断的的39例散发型嗜铬细胞瘤病例(包括肿瘤组织和全血中的白细胞),包括1例恶性病例。2、对每例的正常对照组织应用Soquenom MassArray时间飞行质谱生物芯片系统进行23个已知遗传性嗜铬细胞瘤点基因突变的检测。3、对已知点基因突变检测正常的散发型病例,选取14例,应用SNP6.0芯片扫描每一选取病例的肿瘤组织正照组织(外周血的白细胞)基因组,寻找不少于一半的的病例发生缺失的共同区域。应用Affymetrix公司提供的SNP6.0芯片操作流程及质控标准来监测实验过程。对于SNP6.0芯片的扫描数据,先进行信号值的提取和归纳,然后使用Birdseed模型对SNP6.0芯片的扫描数据进行初步降噪处理。同时对等位基因的特异信号进行提取和统计计算,再结合两者以归纳出基因分型的簇数据,进而求得每一个探针上的Log R Ration (LRR)数据,LRR足用来指示拷贝数的指标。通过对整张SNP芯片上探针荧光值的统计学整理和归纳,可以求出在拷贝数为2时探针的平均荧光值。芯片上每个探针(CNV探针)的荧光值与其进行比较后,可以推断出相应位点的拷贝数变化情况。这样就可以构建基于全基因组CN数据。对比分析来源于同一病例的肿瘤组织与正常组织(外周血白细胞)染色体变异情况(CNV),从而初步确定与散发型嗜铬细胞瘤;发生相关的主要染色体区域。4、然后,通过实时荧光定量PCR (Q-PCR)技术在剩余的散发型嗜铬细胞瘤病例中验证SNP6.0基因芯片确定的发生缺失的主要染色体片段。将Q-PCR中超过50%的染色体缺失区域作为散发型嗜铬细胞瘤的易感基因的热点区域。5、最后,通过借助UCSC数据库从这些缺失的染色体片段寻找与散发型嗜铬细胞瘤发生相关的可能基因。结果:1、39例中除1例为遗传型嗜铬细胞瘤外,其余38例均为散发型嗜铬细胞瘤。2、14例嗜铬细胞瘤中发生DNA缺失的染色体缺失的有13例,发生缺失的区域包括:…现缺夫的染色体包括1p、3q、17p、22q、11q。78.6%(11/14)的病例出现1号染色体短臂部分区域拷贝数的缺失,其中50%病例发生染色体缺失的区域为chrl:85592199-85598821,chrl:70877065-70905276,chrl:101491482-101552821。3、Q-PCR验证发现多数病例(75%)仍然在chrl:85592199-85598821和chrl:70877065-70905276区域发生缺失。4、缺失片段中发现的与散发型嗜铬细胞瘤可能相关的的基因共有133个。结论:1. SNP6.0芯片能够有效发现和精确定位散发型嗜铬细胞瘤全基因组DNA拷贝数的变化微小区域,可以精确定位染色体的缺失区域。2.多数散发型的嗜铬细胞瘤存在1号染色体部分片段的缺失,提示这些缺失的1号染色体DNA片段上可能存在与散发型嗜铬细胞瘤相关的易感基因。DNA发生缺失可能与散发型嗜铬细胞瘤的发生有关,可能是散发型嗜铬细胞瘤的发病基础。3、检测结果为进一步定位筛选和克隆与散发型嗜铬细胞瘤相关基因提供了重要的线索和理论信息。
其他文献
目的:观察针刀结合手法治疗颈源性头痛的中医整体护理效果。方法:76例患者行针刀结合手法治疗,实施个体化的整体护理措施。术前重在心理辅导,排解患者疑虑,树立治疗信心。术中
目的研究SERPINB1在肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma, HCC)中的表达情况,初步分析SERPINB1异常表达与HCC发生发展的关系,旨在能够进一步揭示HCC的分子发病机制,为其治疗提供
本文根据金的赋存状态及金在选矿各产物中的分布情况 ,分析了泗洲选矿厂伴生金的回收率 ,探讨了如何提高金回收率的措施
我国的经济和技术正在快速发展的过程中,光缆通信行业也因此得到了进一步的发展。如今,各种高层建筑层出不穷,在一定程度上影响到通信,但是光缆通信工程的施工技术较为复杂,
朗读是学习语文知识的前提条件,只有对语文知识足够了解,才可对其进行灵活应用,而朗读就是学生掌握语文知识的第一步,特别是对于小学阶段学生而言,他们身心发展尚未成熟,理解
本文主要探讨现场心肺复苏(CPR)操作技能的教学培养方法。通过对本校学生进行分批急救课程的培训并在心肺复苏操作技能的训练过程中采用分段递学习法对学生进行培养训练,使学生
金丝新4号是山东果树研究所选育的干鲜兼用型枣优良新品种。蓟县林业局2007年春从本市静海县引进接穗,先后在下营、罗庄子两镇缓坡荒山的野生酸枣上嫁接试栽,经过几年观察,该品
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)是最常见的肝脏恶性肿瘤,占全世界肿瘤发生率的第五位。我国作为乙肝大国,国民中乙型肝炎病毒携带率高,作为肝炎-肝硬化-肝癌这一进