随着创新时代的到来，世界上很多国家都推进创新体系的建设。如美国国家创新体系建设，新加坡实施以知识为基础、创新为驱动的国家战略，欧洲则进行创新型联盟。我国也加紧进行创新型国家建设，建设创新型国家也成为重要的理念写进了“十二五”规划。建设创新型国家关键还是要推进创新型企业的建设，以企业为主体进行自主创新，不断增强我国的科技实力。基于对创新型企业的重视，创新型企业在财务特征上与其他企业是否存在不同，创新型企业的经营绩效如何评价是所面临的重要问题。　　 本文以制造业创新型企业上市公司为研究对象，建立反映企业经营绩效的财务特征指标体系，通过制造业创新型企业上市公司与非创新型企业上市公司在一系列财务指标上的对比分析，得出除了营业成本率和销售净利率外，创新型企业在现阶段的财务特征上并没有显著优势;在分析创新型企业财务特征的基础上，通过DEA的方法对我国制造业创新型企业的经营绩效进行分析与评价，得出我国制造业创新型企业上市公司经营效率多数无效。本文从以下几个方面进行深入分析:　　 1.利用对比分析的思想，将制造业创新型企业上市公司与非创新型企业上市公司的财务特征进行对比，结果显示两者之间除了营业成本率和销售净利率外，其他指标的差异不明显。　　 2.通过DEA方法将制造业创新型企业上市公司与非创新型企业上市公司的经营效率进行对比，同时分析了两者的技术效率、规模效率和规模收益情况。研究表明:两者的经营效率有效数都很少，经营效率大多无效;制造业创新型企业上市公司的技术效率均值低于非创新型企业上市公司;在规模效率上，两者正好相反;两者的规模收益大多都是递减状态，制造业创新型企业上市公司的递减公司数多于非创新型企业。　　 3.按照净资产收益率的大小将创新型企业上市公司分为高收益组和低收益组两组，对制造业创新型企业上市公司进行内部分析，运用DEA方法比较这两组企业的经营效率、技术效率、规模效率及规模收益情况。结果得出:两者的经营效率都很低，两者技术效率的均值都要高于规模效率的均值，因此更加注重规模效率的提高，高收益组的规模收益递增或不变的数量要小于低收益组，因此高收益组要更加注重对投入-产出的控制。