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本论文对源自海洋红树林植物的15株真菌进行了不同发酵条件的筛选，以抑菌活性结合发酵产物多样性为指标对其发酵粗提物进行了综合评价。根据综合评价结果选择2株次级代谢产物丰富且具有一定抑菌活性的菌株（红树林植物红海榄内生真菌链格孢菌Alternaria tenuissima EN192和红树林植物杯萼海桑内生真菌普通青霉Penicillium commune MA11）开展了进一步研究，用MH2培养基静置发酵培养，对其发酵产物进行了较为系统的分离纯化与结构鉴定，并对分离得到的部分化合物进行了初步的生物活性评价。采用常规的硅胶柱层析、反相硅胶柱层析，凝胶Sephadex LH-20柱层析、制备薄层层析（pTLC）、制备高效液相色谱（pHPLC）以及重结晶等分离手段，分离纯化得到单体化合物。综合利用各种现代波谱技术（UV、IR、MS、NMR等）以及与标准品和文献数据对比的方法，从Alternaria tenuissima EN192静置MH2培养基中分离鉴定了19个化合物（AT1～AT19），其中4个为吲哚二萜类化合物（AT1～AT4），这是从Alternaria tenuissima中分离得到indole-diterpene类化合物的首次报道；从Penicillium commune MA11静置MH2培养基中分离鉴定了21个化合物（PN1～PN21），其中3个为新的吲哚二萜类化合物（PN1、PN2、PN3）。此外，本文还对从Penicillium commune MA11中分离得到的吲哚二萜类化合物的生物合成途径做了简单探讨。对分离鉴定的部分单体化合物进行了抗细菌、抗真菌和卤虫致死活性测试。化合物AT1～AT9对细菌金黄色葡萄球菌（S. Aureus）、大肠埃希氏杆菌（E. Coli）、枯草芽孢杆菌（B. Subtlis）和鳗弧菌（V. anguillarum）具有一定的选择性抑制活性；化合物PN5、PN6和PN16对大肠杆菌（E. Coli）有中等抑制活性，抑菌圈直径分别为10、12、13mm；PN1～PN3、PN9、PN10、PN18～PN20对大肠杆菌（E.Coli）抑制活性较弱；PN12、PN16对金黄色葡萄球菌（S. Aureus）有弱的抑制活性；PN5、PN9对白菜黑斑病菌（A. alternate）有弱的抑制活性。此外，化合物PN1、PN2、PN5～PN8、PN10、PN16对卤虫（Artemia salina L.）均具有一定的致死活性，其中PN10的活性最强，在浓度为50μg/mL时的致死率为100%，PN5、PN7和PN16也具有较强的活性。进一步对PN7和PN10做了梯度实验，其LD50值分别为45.48和7.16μg/mL。本文的研究结果丰富了海洋真菌次级代谢产物和海洋天然产物的化合物结构，为海洋微生物资源的有效利用提供了一定的科学依据。