“三农”问题,是一项关乎民生改善、经济发展和社会进步的重大课题。农村信用社作为支农的主力军,其改革和发展长久以来一直受到政府和人民的高度重视。从2000年开始,江苏省作为农信社改革的试点地区,率先展开在产权制度和管理体制方面的积极探索。在改革过程中,农村信用社改制成为农村合作银行或农村商业银行。根据中国银监会2007年发布的《农村合作金融机构非信贷资产风险分类指引》中的界定,将农村信用社、农村合作银行、农村商业银行统称为农村合作金融机构。农村合作金融机构除了要维持自身的运营和可持续发展,也要承担起支农的重要任务。本文根据农业信贷补贴论、农村金融市场论、不完全竞争市场论等农村金融理论,考察支农视角下江苏农村合作金融机构的运行效率。因此,本文首先构建了江苏农村合作金融机构支农得分指标评价体系,通过因子分析的方法赋予权重,降低维度得出支农得分。然后,在考察运行效率时,构建了非径向、非角度、规模报酬可变、带有非期望产出的SBM模型,选取非利息支出、可贷资金和固定资产净值为投入指标,信用风险、非利息收入、贷款和通过上述评价体系得到的支农得分为产出指标。在考察效率的过程中发现,苏南地区农村合作金融机构效率高于苏北地区。本文通过松弛量解释产生这一现象的原因。苏北地区农村合作金融机构通过计算得出投入无效和产出无效高于苏南地区,使得其效率值偏低。接下来,通过回归的方法对影响效率的因、素进行了分析。全面考察农村经济、金融发展水平、规模、稳定性、盈利能力、配置能力、治理能力、创新能力等可能影响江苏农村合作金融机构运行效率的因素,通过县域人均GDP、市场份额、总资产、所有者权益、资产收益率、贷存比、成本收入比、非利息收入占比等指标来衡量,可以发现:农村经济发展水平、规模、稳定性、盈利能力、创新能力对效率产生正向的影响;市场份额、贷存比、成本收入比对效率的影响不显著。据此,本文提出加大支农力度,提高管理水平,增强创新能力,改善外部经济环境等建议。