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本文以皖南山区及大别山区的尖头鱥(Rhynchocypris oxycephalus)种群为研究对象，利用线粒体DNA的Cytb基因序列首先分析了来自皖南山区的秋浦河、青弋江、长江、新安江和大别山区的淠河、皖河共6个流域、15个种群252尾尖头鱥种群的遗传多样性及其遗传分布格局，探讨其种群历史动态及演化历史。其次，对来自秋浦河136个个体8个种群的尖头鱥进行遗传特点分析以及所测得样本的遗传距离与地理距离之间的关系。 本研究主要内容包括：⑴在流域间空间尺度上，通过对来自皖南山区的秋浦河、青弋江、长江、新安江以及大别山区的淠河、皖河共6个流域、15个种群、252尾尖头鱥标本进行线粒体Cytb基因序列(1022bp)分析，发现：序列变异位点180个，占17.6％，简约信息位点(170个，占16.6%。所有样品共检测到25个单倍型，整体的单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(pi)分别是0.904±0.008和0.04245±0.00098，其中5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性为0。相关性分析结果显示尖头鱥各地理种群间的遗传分化与地理距离未呈现显著的相关性。系统发育树分析结果显示该区域内的尖头鱥种群可划分为4个不同的谱系，而分子变异分析(AMOVA)也显示各地理种群存在明显的遗传分化格局。基于BEAST v1.8.0估算出皖南山区和大别山区尖头鱥种群的最近共同祖先存在于更新世晚期的0.042 Mya。核苷酸错配分布及Tajimas D和 Fus Fs中性检验显示，大约在0.147-2.372 Mya，研究区域内的部分群体和谱系经历了群体扩张事件。上述结果表明，研究区域内尖头鱥种群所呈现出的遗传分化格局，主要与最近一次冰期-间冰期(第四纪时期)的气候剧烈变化有关，而造山运动、水系重组等地质事件的影响较小。⑵在流域内空间尺度上，以皖南山区的秋浦河流域为研究区域，对该流域的8个尖头鱥种群、136尾尖头鱥标本的线粒体Cytb基因序列(1108bp)进行了分析，发现：序列变异位点84个，占7.6%，简约信息位点12个，占1.1%。所有样品共检测到23个单倍型，总体种群的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为h=0.735±0.038，pi=0.02290±0.00173。系统发育树显示所有尖头鱥样本可划分为2个明显的谱系。分子变异分析(AMOVA)结果表明，把尖头鱥种群按进化谱系来划分是最适合的地理细分，其遗传分布格局明显。核苷酸错配分布及Tajima’s D和 Fu’s Fs中性检验表明大部分群体并没有经历过近期扩张。相关性分析结果显示，秋浦河尖头鱥不同地理群体的遗传距离与河道距离呈显著正相关，但与地理直线距离无显著性相关。