利用生物信息学发现长链非编码RNA DSCAM-AS1为肺腺癌潜在治疗靶点

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研究背景与目的:肺癌是最常见的恶性肿瘤之一,肺癌的主要类型包括肺鳞状细胞癌和肺腺癌。近年来,肺腺癌的发病率逐年上升,寻找肺腺癌相关的肿瘤标志物对于肺腺癌的早期诊断及预后具有非常重要的意义。本研究的目的是筛选肺腺癌的潜在靶点,并运用生物信息学探索肺腺癌发病机制,从而寻找合适的肺腺癌早期诊断和预后的生物标志物。方法:从癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)收集并整理有关肺腺癌长链非编码RNA(lncRNA)的数据,利用R语言筛选癌和癌旁表达差异的lncRNA,并预测它们的靶基因,通过DAVID数据库对差异基因进行基因本体(GO)分析并用Cytoscape软件将结果可视化以及完成蛋白相互作用网络的构建,进一步筛选有意义的差异基因。接下来在Kaplan Meier Plotter数据库中结合病人临床随访信息研究基因表达与预后水平的关系。最后,选取12对正常及肺癌组织用实时荧光定量PCR验证分析的结果。结果:1476个lncRNA在肺腺癌中差异表达,其中1230个下调,246个上调,其中表达差异最显著的是DSCAM-AS1。通过共表达网络积分分析识别出DSCAM-AS1对应的41个可能的靶基因。基因本体论富集分析发现DSCAM-AS1通过细胞信号传导、细胞新陈代谢、能量相关通路等与肺腺癌的发病有关。Kaplan Meier Plotter结果分析所示lncRNA DSCAM-AS1以及其靶基因ELAVL1均有统计学意义(P<0.05)。qPCR结果显示DSCAM-AS1在肿瘤组织中明显上调,验证了TCGA数据库中的结果。结论:1.TCGA数据库和实验结果显示lncRNA DSCAM-AS1在肿瘤组织中表达量明显升高,可能参与肿瘤的发生和进展过程。2.lncRNA DSCAM-AS1可以通过结合靶基因的形式调控肺腺癌的发展,进一步影响肿瘤的预后。3.lncRNA DSCAM-AS1具有促进癌症发生发展的潜质,可能作为肺腺癌潜在的治疗靶点,并可为进一步实验验证提供依据。
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