本实验应用分子生物学原理，建立一种RT-PCR方法，用于奶牛持续性感染FMDV的检测，并对毒株的主要结构蛋白基因进行序列分析，这是我国首次在分子水平上对奶牛持续性感染FMDV问题进行研究，为国内FMDV的检测及分子流行病学调查打下了基础。 　　根据已发表的口蹄疫病毒(FMDV)基因序列，自行设计了一对引物，扩增口蹄疫病毒3D后1/3区段，应用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术，从细胞毒中扩增出大小为489bp的基因片段。经克隆及DNA序列分析表明所扩增片段为FMDV基因。该方法在灵敏度方面，可检测出0.01个TCID50的病毒含量，同时该方法还有较好的特异性，不与猪的其它疾病如PRV、PRRSV、JEV等发生交叉反应。阳性样品的检测结果与反向间接血凝(IHA)检测结果的符合率为100％，证明该方法灵敏、特异、简单可靠。 　　应用所建立的RT-PCR方法，对采自3个奶牛场的55份鲜奶样品及40份牛鼻试子样品进行检测。结果在部分鲜奶样品及鼻试子样品中可扩增到长度约为489bp大小的条带。克隆后，经酶切鉴定及DNA序列分析，表明扩增片段为FMDV，与病猪水泡皮分离毒株的同源性高达90.2％。此结果表明，所建立的RT-PCR方法可用于奶牛隐性感染FMDV的检测。 　　结构蛋白VP1是诱导中和抗体的主要成份，在分子流行病学调查中，趋向于分析VP1基因的核苷酸序列差异作为建立遗传变异系谱树。另设计一对引物，扩增FMDV主要结构蛋白基因VP1。扩增片段长838bp，含完整的VP1基因。应用这对引物扩增RT-PCR方法检测为阳性的样品，结果扩增出大小约为838bp的基因片段。DNA序列分析表明，该部分基因与国内报道的0型FMD病毒株的基因同源性达88％。此结果为持续性感染FMDV的分子流行病学调查提供了依据。