沙门氏菌属肠杆菌科，为革兰氏染色阴性杆菌，对蛋鸡生产和食品安全造成重大影响。蛋鸡沙门氏菌病主要是由沙门氏菌引起的一种以蛋鸡出现零星死亡，产蛋率下降的慢性消耗疾病，时间一长，容易引起蛋鸡消化道功能紊乱，鸡群抗病力下降，继发感染其它疾病。一些沙门氏菌含有携带耐药因子的遗传质粒，耐药因子传递的对多种抗生素的耐药性，给治疗沙门氏菌污染造成困难。从鸡本身出发，研究其对沙门氏菌感染抗性的分子机制是缓解沙门氏菌病对蛋鸡生产危害的有效途径之一。本研究以开产蛋鸡为研究对象，用肠炎沙门氏菌感染后，采集血液，用全血自动分析仪分析肠炎沙门氏菌对血液生理指标的影响，利用Agilent鸡4*44K V2全基因组表达芯片检测感染后8天和16天脾脏组织的基因表达，筛选出由沙门氏菌感染引起表达差异的基因，并对筛选出来的差异表达基因进行聚类分析，同时利用DAVID数据库对其进行生物学功能分析。此外，我们利用QRT-PCR方法对芯片结果做了验证，同时把筛选出来的差异表达基因与免疫相关基因进行关联分析，并把两个时间点筛选出来的差异基因进行了对比。结果显示：（1）对照组和试验组的血液样品中白细胞的数量都普遍高于正常值，但同一时间点试验组和对照组的比较差异不显著；感染后8天的试验组红细胞数量明显高于对照组，但在感染后16天这种差异未达到显著性水平。（2）为了验证芯片结果的可靠性，选择了11个差异表达基因进行QRT-PCR。对芯片数据和QRT-PCR的结果进行了相关性分析，得出相关系数为r=0.804。 QRT-PCR验证结果与芯片试验结果一致，所以本研究所获得的芯片结果是准确可靠的。（3）成功筛选出感染后8天脾脏样品中差异表达基因1371个，包括已知的和免疫相关的基因33个；感染后16天脾脏样品差异表达基因692个，其中和免疫相关的基因28个。（4）聚类分析结果显示同一时间点试验动物具有更相似的表达模式；部分和免疫相关的基因存在相似的调节功能，在聚类分析中聚在一块。（5）GO和Pathway分析结果显示，差异表达基因主要涉及细胞粘附、免疫应答、细胞增殖、内毒素信号转导、白细胞粘附、G蛋白偶联受体蛋白；细胞周期、刺激神经组织的配体、类固醇激素生物合成、细胞粘附分子、视黄醇代谢等重要的信号通路。研究结果将进一步深化对鸡沙门氏菌感染分子机制的了解，为鸡的分子抗病遗传育种提供理论基础和科学依据。