目的：通过对G县按床日付费制度改革的主要做法和效果评价的研究，探讨新农合制度下的支付制度改革对费用控制、医疗机构、农民以及监管机构的影响，并为该县完善按床日付费制度提供建议。　　方法：本研究通过文献回顾，现场调查与专家咨询等方法，收集所需要的定量与定性资料。定性研究的访谈对象主要有被调查县合作医疗管理部门，包括县卫生局、县合作医疗管理办公室、乡镇合作医疗经办机构。定量分析内容：用EXCEL建数据库、SPSS16.0软件进行数据分析，对实施按床日付费制度后的住院费用、平均住院天数，医疗机构药品收入，人次分流等指标进行分析，评价按床日付费制度的实施效果。　　结果：乡镇卫生院实施按床日付费支付制度的同时，也实施了基本药物制度，实施的效果有：乡镇卫生院的次均住院费用下降；次均自付费用增加；乡镇卫生院的医疗收入减少；乡镇卫生院的住院人次迅速减少，住院患者大多流入了县级医疗机构；乡镇卫生院患者的平均住院天数减少；县级医疗机构实施按床日付费制度后，县级医疗机构的药品收入占业务收入的比重降低；新农合监管机构工作顺畅，医院内部管理机构角色发生转变，农民的满意度提高。　　结论：乡镇卫生院应积极贯彻实施基本药物制度，基本药物数量及结构应进行适当调整；提高县级和乡级的实际补偿比例，合理引导县级和乡级医疗机构的就诊流向；县级医院应认清形势，避免盲目扩张；加大对乡镇卫生院的财政补偿，改善乡镇卫生院的硬件和软件条件；建立新农合监管队伍，提高乡镇合管专职人员的业务能力；加强监管，制定相应的考核指标，提高服务质量和控费效果。