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肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis,SE)能够侵染家禽消化道,引起消化系统急性炎症甚至发病致死,也可以感染人,造成人食物中毒,是常见的人畜共患病原菌,严重影响家禽业的健康发展,也危害人的健康。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,在维持基因组稳定,调控基因表达,调节细胞分化和生长等方面发挥着着重要作用。有研究显示,鸡感染沙门氏菌后DNA甲基化调控特定免疫基因的表达,禽流感病毒会引起鸡不同免疫器官的DNA甲基化差异。全基因组亚硫酸氢盐测序(Whole Genome Bisulfite Sequence)是一种将二代测序技术与亚硫酸氢盐处理相结合的方法。这种方法能够以碱基分辨率描绘全基因组甲基化图谱,是精确检测基因组DNA甲基化模式的有效手段。本研究利用肠炎沙门氏菌感染济宁百日鸡雏鸡,采用全基因组亚硫酸氢盐测序技术检测肠炎沙门氏菌感染后盲肠全基因组甲基化的变化,并使用亚硫酸氢盐测序PCR技术对差异显著基因进行了验证。结果显示:测序结果平均每个样品获得54.78G Clean Data,总数据量为109.56Gbp,Q30达到82.10%,比对效率约70%。其中,试验组和对照组中分别获得180,530,750和185,362,463高质量Reads。甲基化C位点数量共有421,423,014个,占所有C位点数量的56.1%。其中CG类型甲基化位点数量在所有类型(CG、CHG、CHH,H=A/C/T)甲基化位点中占比最高,为87.4%。发现36823个甲基化差异区域,在1、2、3、16、25、31、32、33以及性染色体上甲基化差异区域长度占比小于0.5%,19、23、24和26号染色体甲基化差异区域长度占比大于1%。共注检测到8947个甲基化差异显著基因(P<0.001),其中试验组相比对照组低甲基化基因5307个,高甲基化3639个。在所有染色体中,只有16号与W染色体高甲基化基因数量大于低甲基化基因数量。将8947个甲基化差异基因在DAVID数据库进行功能富集分析,有5055个基因获得了分类注释,共获得显著富集的GO分类注释78条(P<0.01)。其中生物学过程注释47条,细胞组分的注释15条,分子功能的注释16条。在生物学过程中,免疫系统富集到差异显著基因263个,占该系统全部基因的54.34%。对差异表达基因进行KEGG信号通路分析,共得到显著富集(Q<0.05)的通路16个,包括Wnt信号通路、TGF-β信号通路、FoxO信号通路、神经受体-配体作用过程、细胞因子-因子受体作用过程等。肠炎沙门氏菌感染抑制了济宁百日鸡盲肠基因组甲基化水平,不同染色体的甲基化调控作用是有差异的;mircoRNA甲基化差异位点分布最为密集;microRNA和HOX基因家族在肠炎沙门氏菌感染感染甲基化调控中发挥重要作用。