2001年11月海峡两岸先后加入WTO，给海峡两岸的产业合作提供了新的机遇。本文主要对在WTO框架下海峡两岸高科技产业合作中存在的问题加以研究。在系统而又全面地分析了海峡两岸高科技产业的发展历程、互补性问题、合作的现状以及合作中存在的问题后，结合WTO原则对高科技产业开放提出的要求，研究了入世后海峡两岸高科技产业面临的机遇、挑战以及合作的利益所在与不合作的后果。在此基础上，通过运用动态博弈模型对海峡两岸高科技产业的整合动因进行分析，找出海峡两岸高科技产业在同质技术水平与异质技术水平条件下海峡两岸高科技产业技术合作意愿度的均衡点，并用闽台两地高科技农业试验区的情况进行了一些实证检验，然后利用前面的分析与模型得出的结论，针对海峡两岸的管理层在高科技产业合作方面提出了相应的对策。 本文采用宏观研究与微观研究相结合，通过两岸高科技产业的发展比较、合作现状以及合作存在的问题分析，指出主要是两岸政治上的歧异与经济上的异质，限制了两岸高科技产业合作向深层次发展，并着重提出两岸高科技产业合作应从民间层次交流与协作上升为制度性合作。 本文的研究目的是希望能够为解决入世后海峡两岸面临的产业结构升级问题提供一些新的思路，为促进台湾早日回归祖国，实现祖国统一大业贡献一份力量。