近年来,越来越多的学者从控股股东的代理问题视角对公司治理问题进行研究。改革开放以来,我国民营经济发展迅速,现有研究表明,我国民营企业股权集中现象严重,普遍存在终极控股股东,通过构建控制权和现金流权分离的股权结构,终极控股股东实际掌握的控制权(投票权)远远超过其现金流权(剩余索取权),能够对公司治理机制施加重大影响。以往学者多是基于大股东和管理者的第一类代理问题,就内外部公司治理机制对资本结构的影响展开研究,成果丰富,但是针对中国民营企业纷纷上市融资,并且存在控股股东“一股独大”的现象,迫切需要从终极控股股东和广大中小股东的代理问题出发,就公司治理对资本结构的影响展开研究。本文首先对股权集中、资本结构、公司治理相关的文献进行回顾,在对终极控股股东代理问题产生的机制和控制权理论、代理成本理论等进行分析的基础上,提出研究假设,建立实证模型,最后使用2007-2011连续五年的1370家民营上市公司为样本进行实证分析。通过理论和实证分析,本文的研究结果表明：随着管理层持股比例的增加,企业负债水平下降；随着股权集中程度的增加,企业债务水平下降,终极控股股东“内部人控制”现象严重；股权制衡度与债务水平负相关,终极控股股东“一股独大”,外部股东难以形成有效制衡；董事会规模、董事会会议频率等机制与债务水平正相关,说明该两项董事会治理机制能够发挥正面的监督、制衡效应；终极股东的控制权越高,会更多的向董事会派出成员,并且终极控股股东派出董事比例与债务水平负相关；相对于两职分离的企业,总经理与董事长两职合一的企业会选择更低的债务水平。本文的研究结论为终极控股股东基于控制权和现金流权的分离,对董事会施加重大影响、股权融资偏好和攫取中小股东利益的隧道行为提供经验证据,同时实证分析的结果说明本文构建的数学模型具有较强的解释力。