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该研究选取了丹麦家猪100天胚胎胸腺组织cDNA文库(Foetus 100days,thymus,FTY);出生2天丹麦家猪胸腺组织eDNA文库(Piglet 2 days,thymus,PTY);出生115天丹麦家猪骨髓组织cDNA文库(Newborn 115 days,bone marrow from pelvis,NBM);成年中国家猪血液组织cDNA文库(Chinese porcine blood,CBL)进行研究,分别获得7071、8978、11704和9200个高质量的EST,共计36953.经过聚类分析,四个文库分别得到4033、4108、3699和3659个clusters.根据与GenBank的核酸和蛋白质数据库BLAST获得注释的登录号,对四个库的EST所覆盖的基因进行统计,在FTY共有5442个EST(76.96％)获得了注释,去除污染后获得5113个EST(72.31％)与已知基因有同源性,覆盖2141个基因,表达量最多的是the elongation factor 1 alpha gene(160/5113),基因表达相关的基因表达最高占到36.99％,且这一部分基因冗余度高:1802个ESTs代表了393个基因.结果和婴儿基因表达谱类似.FTY中136个ESTs(2.66％)代表造血相关基因,比PTY高(79 ESTs,1.17％),表明此期胸腺与造血功能有关.组织特异的Thymosin基因有67个EST,61个EST代表TCR基因,10个EST代表CD3基因,2个EST代表CD8,远低于延长因子(160EST),成熟T细胞的表面标志TCR,CD4,CD8表达较少,说明此期胸腺的分化尚不完全.在NBM共有9779个EST(83.55％)获得了注释,其中9557(81.66％)个EST与已知基因有同源性,覆盖基因1752个,表达量最多的是Sus scrofabeta-globin gene(2550/9559).在CBL共有5737个EST(62.36％)获得了注释,其中5475个EST(59.51％)与已知基因有同源性,覆盖基因1598个,表达量最多的是Sus scrofa beta-globin gene(177/5359).根据基因功能分类发现,NBM和CBL中的造血相关、代谢和未分类基因数目占比例较大,和人类骨髓和血细胞来源的基因表达谱相似.该研究首次构建了家猪胚胎胸腺、骨髓和血液的基因表达谱.该研究对四个组织ESTs的可变剪接形式进行了预测,共产生84个可变剪接形式,经注释发现,具有可变剪接形式的基因主要与信号转导有关,与可变剪接的功能分类结果一致.