应用基因芯片技术筛查皖北地区Budd-Chiari综合征(BCS)易感基因的研究

来源 :蚌埠医学院 | 被引量 : 2次 | 上传用户:tt7506
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目的:探索皖北地区BCS发病易感基因,为BCS病因学研究提供一定依据,并为该病的早诊断、早治疗提供帮助。  方法:搜集蚌埠医学院第一附属医院血管外科2013年8月至2014年3月住院治疗的布加综合征(BCS)患者32例作为实验组,同期来自蚌埠医学院第一附属医院体检中心的同年龄、同性别的健康体检者32例为对照组,抽取外周静脉血,提取DNA,标本处理,采用Infinium? HD Assay基因芯片技术(包括DNA碱变性-基因组全扩、断裂-沉淀-重悬-杂交、洗涤-延伸-染色-扫描)和与之相配套的分析软件Genomestudio,经过总RNA的制备、总RNA的处理纯化和质量检测、RNA标记、RNA的纯化标记和质量控制、杂交、芯片冲洗、芯片扫描、提取数据、数据分析、获得差异表达基因的靶基因预测。应用Plink全基因组关联分析工具,对芯片数据进行数滤,剔除掉低质量的 individuals or SNPs;采用Fisher's exact test进行 case/control关联分析,利用 IPA查询该基因是否与Budd-Chiari syndrome相关。验证SNP的选择标准:i) P<0.0001(10-4);ii) MAF>0.05。  结果:32例患者血液样本进行全基因组测序及关联分析,筛选出共计26897个SNP位点突变,其中9个高频率突变位点:ANGPT1(rs4472483、rs16876325), COL4A1( rs9515162、rs3783113、rs1981316、kgp12393511、kgp11533359、kgp1789604、kgp740677),且均属内含子序列。  结论:皖北地区BCS患者筛选出ANGPT1(rs4472483、rs16876325),COL4A1( rs9515162、 rs3783113、 rs1981316、 kgp12393511、 kgp11533359、kgp1789604、kgp740677)9个碱基位点点突变。揭示皖北地区BCS发病可能与上述基因突变相关。
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