在城市信用合作社基础上组建起来的城市商业银行在满足中小实体企业金融服务需求、促进区域经济发展方面发挥了重要作用。然而随着利率市场化和金融脱媒时代的到来,主要依靠传统存贷利差盈利的城市商业银行面临着前所未有的挑战。城市商业银行那种“坐等收钱”的时代已经过去,“创新驱动、转型发展”已成为中国银行业发展的大势所趋。而金融创新作为一把“双刃剑”,对于我国的城市商业银行来说,这到底是起到激发银行发展的原动力还是带来危机的绊脚石,因此有效的度量城市商业银行的创新效率,把握创新的尺度,对于现阶段城市商业银行的长期发展尤为重要。本文首先阐述了城市商业银行创新效率的研究背景、研究意义以及国内外相关文献综述；其次,简述了金融创新的相关理论基础,并结合我国城市商业银行的改革发展史,分析了金融创新的构成以及效率的生成；最后主要对以下两个方面做研究：一是利用改进的DEA模型,从静态和动态两个角度分别对我国28家城市商业银行、国有以及股份制商业银行在2008-2012的创新效率进行了测度。二是通过Tobit面板回归模型实证分析了我国城市商业银行的股权结构和公司治理对创新效率的影响,用实证探求股权结构和公司治理因素对我国城商行创新效率影响的幅度和方向。研究发现：一是三类银行的全要素生产指数均大于1,其大体走势随我国宏观政策的变化而波动,其整体呈“凸”字形。在金融创新效率层面,我国城市商业银行在三类银行中排名最末,处于东部和中部地区的城商行在平均效率上要高于东北、西部地域,而进一步研究发现推动我国城市商业银行创新效率提高的最大动力是技术进步,最根本的内因是自身的治理运作；二是通过实证发现我国城市商业银行的监事会制度与员工激励并未起到应有的作用,相反,增设分支机构、引进战略投资者以及加强创新理念和技术的投入能够推动城市商业银行创新能力和效率的提升。最后,本文从公司内部股权治理和业务经营方面,对我国城市商业银行创新效率的提高和改善提出相关政策建议。