水稻农艺性状QTL分析及抽穗期QTL qHD5的鉴定

来源 :中国农业科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jacychang
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水稻产量作为一个复杂的数量性状,主要受控制生育期、株型、穗部性状及籽粒性状基因的共同影响。本研究以在农艺性状上有较大差异的两个亲本BG1和XIJ杂交衍生的重组自交系(RILs)群体为材料,在杭州(2011年)和海南(2012年)两个环境条件下,对影响水稻农艺性状的QTL进行了定位研究。在此基础上,通过回交的方法构建了一套近等基因系(NILs),并鉴定出一个新的控制生育期的QTL qHD5。主要结果如下:1.选取了203个具有亲本间多态性的标记用于RILs群体的基因型鉴定,构建了一个总长为1515.8cM、标记之间平均距离为9.13cM的遗传图谱,每条染色体上的标记数目为8-27个。2.在杭州和海南两个环境下分别对水稻RILs群体的生育期和株型性状进行了QTL分析,检测到分布于第1、2、3、4、5、8、9和12染色体上共31个QTL。其中,位于第5和第8染色体上影响生育期的qHD5和qHD8是在两个环境下均能被稳定检测到的效应较大的主效QTL。此外,还稳定检测到1个影响分蘖角度的主效QTL qTA9,3个影响倒二叶长的QTL qSLL3、qSLL5-2和qSLL8,5个影响倒二叶宽的QTL qSLW4-1、qSLW4-2、qSLW5、qSLW8-1和qSLW8-2,2个控制剑叶长的QTL qFLL3和qFLL5,以及3个控制剑叶宽的QTLqFLW4、qFLW5和qFLW8-2。3.在两个环境下分别对水稻RILs群体的6个穗部性状进行QTL分析,检测到分布于第2、3、4、5、6、7、8和10染色体上共29个QTL(有效穗数、穗长、每穗总粒数、每穗实粒数、结实率和着粒密度的QTL数目分别为4、6、6、6、3和4个)。其中,控制有效穗数的qNTP4、穗长的qPL5-2、每穗总粒数的qGNPP4和qGNPP8、每穗实粒数的qNFGP2-2及着粒密度的qGD5在两个环境均能被稳定检测到。4.在两个环境下共检测到影响10个籽粒性状的58个QTL,它们主要分布于第2、3、4、5、6、7、8和9染色体上。在杭州和海南分别检测到37个和38个QTL,其中有16个QTL在两个环境下均能被检测到,主要位于第2、3、4和5染色体上。序列比对分析表明,本研究中检测到的影响籽粒宽度、长度与厚度的QTL qGW2-1、qGL3-2及qGT3极有可能分别与已克隆的粒形基因GW2、GL3及GS3等位。5.对RILs群体的农艺性状进行QTL与环境互作效应分析发现,影响生育期、分蘖角度、株高、每穗总粒数、每穗实粒数的QTL qHD8、qTA9、qPH5、qGNPP8、qNFGP5-2和qNFGP8与环境存在明显互作,而所有影响籽粒性状的QTL与环境的互作效应均未达到显著水平。上位性分析结果表明,有5对影响株型及穗部性状的QTL区间、17对影响籽粒性状的区间存在显著的双因子上位性互作,但互作效应值及贡献率均较低。6.本研究发现了多个可同时影响株型和籽粒性状的QTL聚集区。如第2染色体RM5619-RM5356区间同时对每穗实粒数、每穗总粒数、谷粒宽,谷粒厚、千粒重等性状有影响,在C2-7-RM324区间则同时检测到了影响谷粒厚等4个性状的QTL;第4染色体RM3687-RM349区间同时检测到了影响倒二叶宽等7个性状的QTL;第5染色体C5-1-RM1200区间检测到了影响生育期、每穗总粒数、穗长、粒厚与结实率等性状的QTL,RM18457-RM6229区间则同时对株高、穗长、谷粒长及米粒长宽比性状有影响。7.利用QTL定位结果,结合回交及分子标记方法,构建了一套含有不同QTL片段的近等基因系群体,并在第5染色体短臂RD501-RM6317区间(约380kb)内鉴定了一个新的控制生育期基因位点qHD5;结合对基因功能的预测分析,在该区间内50余个基因中筛选了9个候选基因,发现其中有一个基因位点与水稻穗部发育有关,并且双亲间该位点在存在着序列差异,研究结果可望为qHD5的进一步精细定位及克隆提供参考。
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