华中大学是由英美五个差会合作共办的教会大学。作为一所由五个差会联办且以美国差会资助为主的教会大学,华中大学的经费管理体制实际上是在特殊的历史环境下美国私立高校经费管理体制在中国的移植。从学校的外部关系来看,华中大学经费管理体制的隶属关系可表述为,各合作差会国内总部—华中大学设立者董事会—华中大学校董会;从内部管理来看,则为校董会—校长—总务会议的三级管理模式。其经费管理体制借鉴了美国私立大学的经费管理模式,经费管理分工细致明确,各部门协作紧密有序,某种程度而言,其经费管理体制之完善,较当时国内的国立、私立大学略胜一筹。作为一所教会大学,在经费来源方面,华中大学主要依靠各合作差会资助,具体分为差会拨款、差会薪水和基本金利息三个方面。在华中大学的整个办学期间,此三项是学校最稳定的经费来源。随着华中大学在中国办学所产生的影响日益广泛,学校也逐渐吸引着来自国内外的各基金机构及组织如中华教育文化基金董事会、管理中英庚款董事会、哈佛燕京学社及中国基督教大学校董联合会等为其捐款,这在一定程度上也促进了华中大学的院系发展。而作为在中国成立的一所大学,华中大学也注定会受到彼时中国政府的照拂,彼时的中国政府也时常对其进行某种程度的资助。但站在中国政府的角度而言,此种资助现象的背后实则是为了显示政府对教会教育事业发展的控制,以借此机转变教会大学的职能。即便如此,在作为私立大学存续的整个发展时期,华中大学的宗教性质始终未发生根本性的改变,华中大学也始终以其宗教传统而感到自豪,学校的宗教活动也从未停止。直至1951年底,华中大学被收归国有并改为公立,其私立教会大学的性质才发生根本性的变化,从而真正成为中国人自己的大学。