目的：通过核算2011年黑龙江省医疗机构公共卫生费用，来分析各级医疗机构公共卫生资源的利用情况及政府补偿情况，并探讨其中存在的问题及原因，为政府制定相关医疗机构公共卫生政策提供科学依据，也为今后开展的医疗机构公共卫生费用核算提供方法学借鉴。　　方法：运用功能法对黑龙江省各级医疗机构公共卫生费用进行核算。应用分层抽样的方法抽取样本医疗机构，并按照不同层级推算不同地区、不同级别医疗机构公共卫生费用，最终得到2011年黑龙江省医疗机构公共卫生费用。　　结果：2011年黑龙江省医疗机构公共卫生费用总额11.64亿元，其中综合医疗机构公共卫生费用总额2.01亿元，专科医疗机构公共卫生费用总额0.98亿元，基层医疗机构公共卫生费用总额8.65亿元。2011年黑龙江省各级医疗机构提供公共卫生服务项目如表4所示，主要以居民健康档案管理(16.86％)、预防接种(14.48％)、孕产妇保健(11.93％)、慢病管理(9.69％)、儿童保健(8.17％)为主。从筹资一功能矩阵平衡来看，2011年黑龙江省各级医疗机构提供公共卫生服务过程中获得补偿不足，总体亏损1.70亿元。通过进一步研究表明:医疗机构承担了大量公共卫生工作;医疗机构公共卫生工作陷入“收不抵支”的困境;医疗机构公共卫生服务主体项目亏损严重;综合医疗机构依靠自身维持勉强开展公共卫生工作;专科医疗机构开展公共卫生服务项目单一;基层医疗机构公共卫生工作量超负荷;政府补偿机制的完善是医疗机构开展公共卫生工作的有力保障;进一步完善功能法核算医疗机构公共卫生费用。　　结论：医疗机构在公共卫生体系中的作用不容忽视;医疗机构基本依靠自身负担公共卫生服务支出;医疗机构提供的公共卫生服务项目大多入不敷出;政府应完善补偿机制，为医疗机构开展公共卫生工作保驾护航;为增强公共卫生工作的服务能力，专科医疗机构的学科建设尚需完善。