近年来，住房保障与高房价是中国的两大社会热点问题。随着我国经济的快速发展，城市化进程加快，房地产业迅速发展，特别是商品房建设规模与速度不断提高，逐渐成为我国国民经济的重要组成部分，是推动国民经济发展的重要引擎。经济的发展带来了城市化进程的加速，大量人口涌入城市，商品房市场供求出现不平衡，房价高企，中低收入阶层的住房需求无法得到满足，政府开始着手住房保障政策的实施。从逐年的观察来看，住房保障的投入相对于房价的高涨与中低收入者的住房需求，其所产生的效应非常有限。因此，从国民经济协调发展的角度出发，宏观调控住房保障与商品房市场是非常重要的，既要稳定商品房市场，使其平稳发展，去泡沫化，又要大力发展住房保障来解决中低收入阶层住房难的问题。住房保障与商品房市场需要在一个合理的框架下，相互间产生良性影响，两者协调发展，最大限度地增加社会效用。本文在大量国内外研究材料的前提下，深入分析我国商品房市场体系和我国的住房保障体系，并全面阐述住房保障对商品房市场的作用机理。在实证分析中，首先从宏观的整体角度，运用协调度模型，对住房保障与商品房市场1998-2010年二者发展的协调性进行分析；然后利用高斯核函数密度估计法，从分区域的角度，对我国各地区1999-2010年经济适用房与商品房市场的发展水平进行结构分析，对各地区住房保障与商品房市场的发展情况进行评估。结果发现，我国住房保障与商品房市场的协调性呈不断降低的趋势，各地区的发展情况不同，但总体呈下降趋势，其中中西部优于东部。