水稻根系有着吸收水分、矿物质及固持植物体的重要功能,另外根系还有繁殖、合成生长调节剂和贮存合成有机物质的作用。本研究以RM109/密阳23的F₄代含有2840个家系的重组自交系群体为材料,根据侧根密度分为9类,对水稻的冠根根粗、胚根根粗、根长、株高、单株有效分蘖等性状进行了多重比较分析。从F₄群体选取710株显性单株（完全无侧根）用于精细定位,通过候选基因预测对目的基因LRT1进行了分析。主要研究结果如下:1.水稻不同侧根密度类型之间,冠根的根粗没有显著差异,胚根的根粗仅LR1与LR7存在显著差异,说明水稻侧根的缺失不影响根粗。不同侧根密度类型之间,根长有一定差异,LR4与LR3、LR8、LR9存在显著差异,与LR8存在极显著差异。说明冠根无侧根而胚根有侧根会影响根的长度,完全无侧根在幼苗期不影响根长生长。9类侧根密度之间,株高与分蘖数存在显著差异,说明水稻侧根的存在对株高和分蘖的生长发育起着重要的作用。2.不同侧根密度与农艺性状的相关性分析表明,侧根密度与株高、单株有效分蘖数、单株生物产量之间存在极显著正相关关系,与稻米的外观品质、粘度值相关不显著。3.利用710株极性显性单株（完全无侧根）用于精细定位,利用侧根突变体基因LRT1两侧紧密连锁的SSR标记（RM15826和RM1038）对710株无侧根单株叶片基因组DNA进行PCR分析,筛选出57个重组单株。进一步利用在RM15826与RM1038两标记之间新发掘出的11对SSR多态性标记和9对多态性InDel标记对57个重组单株进行基因型分析,最终将目的基因精确定位在InDel1与R15909之间的183Kb片段上,位于水稻第3号染色体上。4.根据InDel1与R15909标记的物理位置,利用水稻基因组数据库网站（http://rice.plantbiology.msu.edu/cgi-bin/gbrowse/rice#search）对该区段DNA序列进行在线分析,预测到26个候选基因,测序结果表明,LOC_Os03g53150.1基因为无侧根基因的候选基因。