【摘 要】
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分子相互作用网络是研究生物分子功能及调控的基础之一。目前,许多大规模实验已经运用于多种模式生物,如酵母、果蝇、线虫和人类,得到了大量的相互作用数据。同时,多个研究机构也相应地建立数据库,收集整理实验得到的相互作用数据。然而,在植物中,即使是模式生物拟南芥,也缺乏足够多的相互作用数据来支持系统的网络分析。因此,我们通过整合多种基因组层面的侧面证据,如基因共表达、蛋白质结构域相互作用、功能注释的相关性
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分子相互作用网络是研究生物分子功能及调控的基础之一。目前,许多大规模实验已经运用于多种模式生物,如酵母、果蝇、线虫和人类,得到了大量的相互作用数据。同时,多个研究机构也相应地建立数据库,收集整理实验得到的相互作用数据。然而,在植物中,即使是模式生物拟南芥,也缺乏足够多的相互作用数据来支持系统的网络分析。因此,我们通过整合多种基因组层面的侧面证据,如基因共表达、蛋白质结构域相互作用、功能注释的相关性、同源相互作用、细胞内共定位以及共进化,对拟南芥相互作用进行了预测,并得到145494对相互作用。并且,我们构建了拟南芥分子相互作用数据平台(PAIR, http://www.cls.zju.edu.cn/pair/)提供用户查询数据和分析网络的功能。最后,我们用预测得到的相互作用对减数分裂重组相关分子网络进行了系统的分析。
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