科研事业单位是一种既区别于国家政府机关又区别于国有企业的特殊组织形式,其自身的财务管理对资金使用的效率和效果具有重要影响。在市场经济转轨过程中,随着我国创新型战略的实施,国家对科研事业单位的资金投入也在不断增加,使得科研事业单位的资金丰富化和多样化,以往计划经济体制中形成的科研事业单位会计核算模式已经难以适应现有的市场经济体制需求。因此,配备一套完整的会计核算模式迫在眉睫。科研事业单位的良好运作,得益于财务管理全程参与组织资本活动中多方面经济关系的管理工作。而如今由于“经济人”利益驱动,个人物质利益的观念被强化,科研事业单位出现了“内部人控制”的特定现象,严重违背了科研事业单位以社会公益为目的的组织目标,给会计核算和监督工作带来极大的难度,造成了会计信息严重失真。同时科研事业单位管理模式的落后也造成其组织效率、社会效益及公共资源使用效率低下,无法适应经济快速增长的需要,科研事业单位改革势在必行。在这种背景下,科研事业单位的会计核算管理存在着许多问题,如何加强改进会计核算管理工作,就显得尤为重要。正基于此,本文运用规范研究中的演绎法和归纳法,并辅之以案例研究的方法,从受托责任、公共财政理论、核心竞争力理论和委托代理理论的角度,对科研事业单位公共受托责任进行研究,从历史视角和行业视角对科研事业单位现行会计核算模式进行总结,指出了各种会计核算模式的优缺点,并找出了影响科研事业单位进行会计核算模式选择的因素,进而构建了以财务外包为核心的科研事业单位会计核算模式选择模型。然后以S省农业科学院会计核算模式演变及创新性选择为例,从政策与环境支持、财务外包风险衡量、财务外包的范围和方式、外包服务商的选择等方面论证科研事业单位会计核算选择模型的可行性,同时制订切实可行的转换方案,为其他科研事业单位提供一定程度的借鉴。