我国目前的大学组织内部管理体制，是计划经济时代建立起来的，面临着来自大学组织自身特性、市场经济、知识经济、高等教育大众化等挑战。随着高等教育体制改革的深化和高等学校办学自主权的扩大，大学层面的决策权随之扩大，大学组织的战略选择和重大决策将对其自身发展产生重大影响，对决策模式的研究也已成为大学组织管理中不可或缺的重要环节。探索现代大学组织决策模式，必须对其特性和特点进行分析。作为一种分析框架，“第三部门”理论不仅是对某些组织的归纳，而且是一种对社会认识的新思维和解决社会发展问题的新工具。从第三部门的视角分析，现代大学组织具有自治性、非营利性与非政府性的特性；并且具有科层组织与松散联合体的统一，学术性与社会性的统一，刚性与柔性的统一，正式组织与非正式组织的统一的特点。针对大学组织结构的特性和特点，我们认为大学组织决策模式是指一定的大学组织或者管理者群体在长期的实践活动中形成的，并且得到认同与遵从的一种决策活动基本样式或者模型，是对一定的决策结构、决策程序、决策原则与决策方法等要素的综合概括与高度提炼。大学组织的决策结构主要由决策中心、信息系统、咨询系统和控制系统构成，既相互独立、又相互联系。大学组织决策程序由确定目标的意义、问题的识别与分析、制约条件、信息、方案、抉择、实施等七个步骤组成。大学组织的决策方法有：定性分析方法、定量分析方法、行为分析方法。大学组织决策既要遵循科学性原则，也要遵循价值性原则。科学性原则有：信息充分原则、可行性原则、系统分析原则、集团决策原则、时效原则。价值性原则有：公共利益至上的原则、社会价值优先的原则、体现利益相关者意志的原则。目前中国大学决策模式实行中国共产党大学组织基层委员会领导下的校长负责制。但由于管理传统、学校办社会、有关政策法规等因素的影响，表现在决策方面主要有部分决策者管理知识素质欠缺，决策制度不完善；微观决策多，战略规划少：决策机制不健全，民主化程度偏低；决策系统内部结构不尽合理等不足。构建中国大学组织决策模式，关键是完善内部管理体制，建立健全决策机制。在决策事项、原则及程序方面，要明确党委和校长的决策事项与议事规则，建立党政协调机制，用制度规范决策行为。在审议咨询方面，建立相应的审议机构，实行重大问题审议制度，设立若干常设委员会等作为咨询机构，并吸引和鼓励广大教师参与学校管理。在指挥执行方面，处理好职能部门和院(系)之间的关系，明确各自的职责，使院(系)具有更多的自主权，学校职能部门转变传统的管理模式，从直接控制转变为加强检查、监督和协调、服务。在监督反馈方面，建立良好的监督反馈机制，充分发挥教代会、学术委员会及其他常设的各种委员会等的作用。中国大学组织实现决策的科学化，还必须改变过分依靠行政权力进行决策管理的现象，充分发挥学术权力在决策管理中的作用，明确大学组织决策的特性与目标，实现其价值取向，努力提高大学组织决策者的素质。