牛肠道病毒LAMP和RPA两种检测方法建立

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牛肠道病毒(Bovine Enterovirus,BEV)为微RNA病毒科肠道病毒属成员之一。BEV多呈隐性感染,但是临床上会引起腹泻和呼吸系统疾病,并伴有睾丸炎、流产和死胎症状。具有垂直传播和水平传播双重特性,目前为止,还没有针对BEV特异性治疗药物或疫苗。因此BEV会造成养殖场持续带毒,进而导致生产效益降低。为达到控制该病的目的,首先要做好持续监测。但传统的病毒分离、PCR扩增技术和免疫荧光检测技术等,具有时间成本高,操作要求苛刻等局限性,制约了在现场的检测及应用。而近些年出现的等温扩增技术具有灵敏度高、特异性强、操作简单、对仪器设备要求低、结果的判定简单等优势。基于此,本研究拟采用LAMP和RPA两种技术途径建立牛肠道病毒的检测方法,为控制该病提供坚实的技术支撑。本研究根据实验室BEV HN1817毒株的序列构建p MD18-T-BEV HN1817-VP1重组载体,并将该质粒作为试验所需模板建立LAMP检测方法。通过Primer Explorer V5引物设计软件进行LAMP引物设计,并按实验要求,设计筛选出四组LAMP引物,并对反应体系特异性优化选择、扩增的温度优化、反应的时间筛选,最终确定的最佳反应条件为:63℃、45 min。该方法最低检测浓度可达1×103 copies/μL。表明本研究建立的LAMP方法灵敏度较高;且进一步对产物进行SetⅠ和Hin1Ⅱ进行双酶切切胶回收可得94 bp产物,测序可验证检测结果相一致。通过特异性试验表明本体系对BVDV、BRV、BPIV-3等常见呼吸道病毒的核酸均无特异性反应。可视化RPA检测方法的建立:选取VP-1相对保守区间范围设计RPA反应的引物。通过筛选各引物配比等体系,成功建立了基于BEV HN1817的可视化RPA检测方法。RPA检测方法在36.7℃的恒定温度下,仅需15 min即可有效扩增目标片段,检测阈值为1×102 copies/μL,比常规PCR检测方法的检测阈值(1×103copiesμL)高一个数量级,故本试验建立的RPA检测方法灵敏度显著优于常规PCR方法。本研究采用初步建立的BEV RPA和LAMP两种方法,对采集自豫西南养殖场的16份疑似阳性的临床牛源口腔拭子进行检测,并与常规PCR检测方法进行对比,进一步对获得的阳性扩增产物进行序列测序分析。结果表明,16份疑似阳性的临床样本中,RPA和LAMP检出率皆是87.5%,与常规PCR检测率相同。综上所述,本研究初步建立了BEV LAMP和RPA两种检测方法,临床样品检测结果表明建立的方法具有优良的准确性;此外,建立的两种检测方法可以通过体系反应前后的颜色变化肉眼判断结果,适用于现场快速诊断,为BEV的预防控制提供了技术支撑。
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