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北极狐是季节性1次发情动物，一年只繁殖1次。在人工养殖的境况下，在发情期内，常采用不同种公狐连续3天配种的方案，而造成了不能准确地确认某些个体的亲缘关系的现象，这样很可能会导致近亲繁殖，致使种狐品质差，生产不出高质量的毛皮，毛皮质量与发达国家相比，缺乏竞争力。为了防止近亲交配，通过亲子鉴定来制订准确的系谱记录显得尤为重要。产仔数是养狐生产的一个重要的经济性状，产仔数的提高将大大增加狐的皮张产量，增加经济效益。有效地提高狐的产仔数也一直是狐育种的主要目标之一，但北极狐的产仔数是一个遗传力很低的数量性状，难以用常规的育种技术来改良狐的产仔数。而现代分子生物学技术的出现为其实现提供了可能性。本研究采用微卫星分子标记和PCR-SSCP技术分别对北极狐进行了亲子关系的鉴定和影响其产仔数的部分候选基因进行了研究，研究结果如下：(1)本研究首次利用微卫星标记技术成功地对73只北极狐进行了亲子鉴定。9个微卫星位点的累计非父排除概率达到99.99％。(2)本研究首次克隆了北极狐的FSHR基因exon10的部分序列，ESR基因exon1的部分序列，FSHβ基因exon3的部分序列。(3)ESR基因exon1的A等位基因的基因频率高于B等位基因，AB型的基因型频率均高于AA型和BB型基因型频率；FSHβ基因exon3的A等位基因的基因频率高于B等位基因，AA型的基因型频率均高于AB型和BB型基因型频率；C等位基因的基因频率高于D等位基因，CC型的基因型频率均高于CD型和DD型基因型频率。各基因的基因型频率经x~2检验均不显著，符合哈代—温伯格平衡定律。(4)ESR基因exon1和FSHβ基因exon3对北极狐的产仔数有一定影响。ESR基因检测到1个突变位点，不同基因型对产仔数的有显著影响趋势(P=0.0591)；FSHβ基因检测到2个突变位点，突变位点A110C产仔数有显著影响趋势(P=0.1226)；突变位点A89G对产仔数的影响差异显著(P=0.0488)。