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目的良、恶性胸腔积液的鉴别诊断为临床常见难题之一。本研究旨在通过蛋白质组学分析技术搜寻良、恶性胸腔积液的分子标志物,并初步评估其用于二者鉴别诊断的临床价值。方法研究先后采用了两项蛋白质组学技术:一为双向凝胶电泳(2-DE)技术,二为相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术。第一条实验路线采用双向凝胶电泳在胸腔积液样本中分离、搜寻蛋白,使用基质辅助激光解吸飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定差异表达蛋白的具体类型,并用ELISA法验证候选蛋白标志物在良恶性胸腔积液样本中的具体含量。第二条实验路线采用基于iTRAQ的二维色谱串联质谱技术(iTRAQ-2D LC-MS/MS)在胸腔积液样本中分离、搜寻蛋白并进行相对定量,对于差异蛋白基于基因本体(GO)数据库进行GO富集分析(生物学过程、细胞组分及分子功能富集分析),通过KEGG信号通路分析(KEGG Pathway)分析寻找与鉴定差异蛋白关系最密切的病理通路,并构建蛋白相互作用(PPI)网络。在此基础上进一步了解良、恶性胸腔积液蛋白组差异,并挑选有成为标志物潜力的蛋白。结果基于双向凝胶电泳实验路线,恶性组对比良性组,共发现明显差异蛋白点(光密度值变化≥2倍)43个,上调9个,下调34个;对其中7个显著差异点(光密度值变化≥3倍)质谱鉴定明确了具体类型;挑选显著差异点中免疫球蛋白λ(Igλ)、结合珠蛋白(Hp)进行ELISA验证,结果表明Igλ在良、恶性胸腔积液中含量差异无统计学意义,Hp含量组间差异有统计学意义(P<0.05)。进一步评估显示诊断标准为胸腔积液中Hp≤389.02μg/L时,诊断恶性胸腔积液灵敏度为75.00%,特异度为52.38%。基于iTRAQ-2D LC-MS/MS实验路线,共发现良、恶性胸腔积液差异蛋白151个(同位素标记相对定量变化≥1.2倍),其中上调84个,下调67个。GO分析显示,二者在生物学过程上主要在单细胞、多细胞生物过程及应激相关蛋白上存在差异;在分子功能上主要在蛋白结合功能上存在差异;在细胞组分上主要在胞外蛋白上存在差异。KEGG通路分析及蛋白互作网络显示,差异蛋白主要富集在补体与凝血级联反应通路,此外,还在磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)这条与肿瘤发生发展密切相关的信号通路富集。综合考虑蛋白的差异变化程度以及蛋白间相互作用后,数据显示α-烯醇化酶(ENO1)、磷酸甘油酸激酶1(PGK1)、生腱蛋白(TNC)最具有成为蛋白标志物的前景。结论基于双向凝胶凝胶电泳技术搜寻到的标志物结合珠蛋白(Hp)有望用于良、恶性胸腔积液的辅助鉴别诊断;基于iTRAQ技术,对于良、恶性胸腔积液在蛋白组成上的差异有了进一步了解,并搜寻到α-烯醇化酶(ENO1)、磷酸甘油酸激酶1(PGK1)、生腱蛋白(TNC)三个在良、恶性胸腔积液中明显差异表达的蛋白。总之,蛋白组质学技术的应用,可望为良、恶性胸腔积液分子标志物的搜寻提供帮助,且iTRAQ技术较之双向凝胶电泳技术可能更有优势。