土地承包经营权是我国农民重要的生产资料，充分发挥其经济价值对于农村经济的发展和农民增收具有重要作用。近年来，我国出现了以土地承包经营权入股农民专业合作社的实践，这对于促进农民更深入的参与到市场经济活动中和实现农民增收具有重要意义。但是同时，在这个实践过程中也出现了一些法律问题。本文第一部分介绍了土地承包经营权入股农民专业合作社的背景，并提出了实践中遇到的一系列法律问题。第二部分从分析土地承包经营权和农民专业合作社的法律性质入手，分析入股的合法性和必要性问题。本文通过分析认为土地承包经营权本质上是一项“类所有权”，承包经营权人应当对其享有自由处分的权利。农民专业合作社是以营利为目的的企业法人，应当对入股财产享有所有权。这不仅是入股合法性的基础而且也是下文对实践中的具体问题进行分析的理论基础。第三部分对入股实践中遇到的一系列法律问题逐一进行分析并对具体的制度构建提出建议。通过分析认为目前《农村土地承包法》对土地承包经营权入股的很多限制并不合理，应当取消；明确了土地承包经营权入股是物权性流转而不是债权性流转，因而入股后合作社应该取得物权性质的土地承包经营权而不仅仅是“三权分离”理论下所谓的“经营权”，入股后原承包经营权人不再享有承包经营权而是取得合作社的股权；为完善土地承包经营权入股时的评估作价制度提出了建议；对以土地承包经营权入股的社员取得的股权流转进行了制度设计，认为股权的流转应该主要从社员资格的角度限制，而不是简单适用土地承包经营权流转的限制；并且认为股权流转时，与转让股权的社员属同一集体组织的人享有优先权；合作社破产时入股的土地承包经营权应该列入破产财产，并为土地承包经营权的处置提出了具体的建议。第四部分主要阐述促进土地承包经营权自由流转的同时完善我国农村社会保障制度的必要性。在建立健全农村社会保障制度的过程中，国家和政府应该承担相应责任，主动介入，推动完善社会保障制度的进程。