蛋白质折叠是指蛋白质在特有的酸碱度、一定温度条件下,从一维线性氨基酸序列转变为具有生物学功能的天然空间结构的过程。蛋白质折叠问题一直是生物物理学领域研究的热点话题,且探究蛋白质折叠机理有助于理解分子生物学中心法则、破译遗传信息谜题、揭示蛋白质错折叠疾病的致病机理。另外蛋白质折叠速率被作为度量蛋白质折叠快慢的一个重要参量,早期的研究主要从环境、蛋白质的各级结构以及氨基酸序列出发,探究其影响因素,近年来,由于蛋白质共翻译理论的提出,人们认识到mRNA在核糖体上的移位速率可能会影响到蛋白质的折叠速率,且相关研究表明mRNA序列中GC含量、回文密度和二级结构对蛋白质折叠速率都有着重要影响,那么mRNA三级结构是否对蛋白质折叠速率也存在重要影响呢?基于以上想法,本文分析了mRNA三级结构的碱基对梯阶等参量对蛋白质折叠速率的影响。具体研究内容如下:1.整理现有的蛋白质折叠数据库及相关文献,去掉冗余数据,得到一个较大的具有实验折叠速率的蛋白质数据库,根据PDB、EMBL和NCBI数据库之间的交叉引用,找到数据库中每个蛋白质相应mRNA的信息,并使用软件3d RNA和X3DNA分析mRNA的三级结构,提取了每个蛋白质相应mRNA三级结构的局部碱基对梯阶信息和基于连续C1’-C1’向量的简单碱基对梯阶信息,并按照不同的碱基对梯阶类型进行分类,分别计算了mRNA三级结构的局部碱基对梯阶参量和基于连续C1’-C1’向量的简单碱基对梯阶参量的平均值,分析了各参量对蛋白质折叠速率的影响,结果表明:1)mRNA三级结构的局部碱基对梯阶参量值与蛋白质折叠速率呈现出不同程度的相关性。意味着短轴滑移量（shift）、长轴滑移量（slide）、z轴滑移量（rise）和平面短轴转角（tilt）等是影响蛋白质折叠速率的有效因素,说明mRNA三级结构的局部碱基对梯阶参量对蛋白质折叠速率有重要影响。2)mRNA三级结构的基于连续C1’-C1’向量的简单碱基对梯阶参量中短轴滑移量（shift）、长轴滑移量（slide）、z轴滑移量（rise）和螺旋扭角（twist）等均与蛋白质折叠速率存在相关性,说明mRNA三级结构的基于连续C1’-C1’向量的简单碱基对梯阶参量也是影响蛋白质折叠速率的重要因素。此外对比分析了mRNA三级结构的局部碱基对梯阶参量和基于连续C1’-C1’向量的简单碱基对梯阶参量对蛋白质折叠速率影响的差异,相关性结果显示:同一碱基对梯阶的局部碱基对梯阶参量和基于连续C1’-C1’向量的简单碱基对梯阶参量对蛋白质折叠速率的影响趋势一致,只在影响程度上存在差别。2.从软件3d RNA和X3DNA关于mRNA结构的分析结果中,提取了mRNA三级结构的小沟宽度参量（direct P-P distances和refined P-P distances）,并将所选蛋白质按不同折叠类和不同二级结构类分组,再将每组蛋白质依据不同碱基对梯阶类型进行分类,探究了mRNA三级结构的小沟宽度参量与蛋白质折叠速率的相关性,结果发现:mRNA三级结构的小沟宽度参量对蛋白质折叠速率有重要影响。且参量direct P-P distances和refined P-P distances对不同类蛋白质折叠速率的影响有一定差异。3.从软件3d RNA关于mRNA结构的分析结果中,得到mRNA非成键能的相关信息,并计算了mRNA非成键能—碱基配对能量和碱基堆积能量的平均值,分析了两种参量值与蛋白质折叠速率的相关性,结果显示:mRNA碱基配对能量与蛋白质折叠速率呈正相关性,而mRNA碱基堆积能量与蛋白质折叠速率没有显示相关性。意味着mRNA的碱基配对能量是蛋白质折叠进程的重要影响因素。