1960年以来，传统的产业贸易理论已经不能解释国际贸易的发展，产业内贸易应运而生。产业内贸易的研究是对要素禀赋相似的国家之间进出口商品结构的细化，反映一个国家进出口商品贸易结构的高级化程度。中国与东盟水产品贸易源远流长，中国是世界上主要的水产品进口国和出口国，东盟也在2011年超过韩国成为继美国、日本后的中国第三大水产品贸易伙伴国。2010年中国东盟自由贸易区的成立为双方水产品产业内贸易发展打下了良好的契机。双边水产品长期以来依靠资源禀赋优势和劳动密集优势，水产品贸易以产业间贸易为主，但随着零关税的实现，双边水产品贸易逐渐向产业内贸易转变。截取中国与东盟2000-2011年水产品贸易面板数据，运用引力模型来了解中国与东盟水产品贸易发展现状。测算贸易流量表明，经济规模、人均GDP差额及中国东盟自由贸易区建立后的零关税对双边水产品贸易增量影响较强且呈正相关，地理距离对其影响较弱且呈负相关，人口规模和中国水产品总量并没有如预期中对中国-东盟水产品贸易起到显著作用。在发展潜力方面，中国与越南、新加坡、马来西亚属于潜力再造型，中国与菲律宾属于潜力开拓型，中国与泰国、印度尼西亚属于潜力巨大型。运用G-L产业内贸易指数、Bruelhart边际产业内贸易指数以及ThomMcDowell水平型产业内贸易指数和水平型产业内贸易指数对中国-东盟水产品产业内贸易数据进行测算和分析显示，双边水产品的产业内贸易呈增强态势，贸易机构互补性较强。从长期来看，双边贸易将呈现由垂直型产业内贸易向水平型产业内贸易转变，在国际贸易中将由目前互补格局向竞争的态势转变。从各个国别来看，中国与泰国、越南、印度尼西亚水产品贸易以产业内贸易为主，与新加坡、马来西亚、菲律宾水产品贸易以产业间贸易为主，但出现由产业间贸易向产业内贸易过渡的发展趋势。运用混合效应面板数据模型对中国与东盟六国2000-2011年产业内贸易数据进行影响因素的研究，测算结果表明，中国与东盟水产品产业内贸易的影响因素包括：市场规模、人均收入差距、中国东盟自由贸易区的建成及东盟对中国直接投资。市场规模、人均收入差距与双边水产品产业内贸易呈正相关，而中国东盟自由贸易区建立后的零关税对双边水产品贸易影响预期没有预期中大，且呈负相关，东盟对中国直接投资对双边水产品产业内贸易发展呈负面影响，说明目前的直接投资以市场导向为主，直接投资目的是为建成垂直化分工，因此中方应优化东盟直接投资结构，由市场导向型向效率导向型转变。针对中国与东盟水产品产业内贸易现状和发展趋势，从宏观规模经济、产业直接投资和微观重叠需求三个方面提出对双边水产品贸易的政策建议。保持国民经济持续快速发展，带动双边水产品产业内贸易提升；提高人均收入，改善国民生活水平和消费习惯，提升水平型产业内贸易；深化中国东盟自由贸易区合作，为双边水产品产业内贸易发展提供广阔平台。培育水产品产业集群，形成水产品规模经济，促进双边水产品产业内贸易发展。提高水产品科技含量，以高科技引领水产品产业化发展，提高双边水产品水平型、垂直型产业内贸易水平。充分发挥水产品行业协会的积极作用，指导我国水产品开拓东盟市场。树立品牌意识，丰富水产品市场营销手段提高水产品国际认知度，完善水产品产业链结构，建立水产品现代物流体系。深化水产品深加工，提高水产品科技含量。