我国新型农村合作医疗制度从2003年开展试点运行以来，基本实现了覆盖全国农民的制度目标，取得了意义重大的成就。新型农村合作医疗制度的设计初衷在于解决我国农村现存的“因病致贫”、“因病返贫”的现象问题，进一步保障农民群体的基本医疗卫生权益和满足农民群体的基本医疗服务需求。面对我国目前暂未实现全民免费医疗的实际国情，新型农村合作医疗制度是现阶段有效给予农民群体医疗保障的社会保障制度依靠，新型农村合作医疗制度亦是维护农村社会稳定和促进农村经济发展的基石。因此，在整个社会制度层面上，新型农村合作医疗制度应成为我国一项基本的社会保障制度而坚持发展，从真正意义上实现新型农村合作医疗制度的可持续发展。论文对我国新型农村合作医疗制度在运行发展过程中面临的挑战和问题进行研究分析,并在总结借鉴国外先进农村医疗保障制度模式和宝贵经验的基础之上,尝试性地提出我国新型农村合作医疗制度可持续发展的途径选择。论文分为理论分析研究、现实分析研究、对策分析研究三大模块。首先从理论分析研究着手，就新型农村合作医疗制度的相关概念内涵作出了科学合理的定义和界定，并从可持续发展理论、制度经济学的理论、社会视角下的家庭变革理论、新型农村合作医疗的准公共品性质、以人为本的科学发展观五个理论依据方面来对新型农村合作医疗制度的可持续发展来进行研究探讨，进一步从理论层面来证明新农合制度可持续发展的必要性。其次，对新型农村合作医疗制度的实际运行发展进行现实研究分析，在肯定新农合制度所取得的巨大成就的基础之上，从客观现实的角度指出新农合制度要想实现可持续发展仍然面临着诸多的挑战和问题，这些挑战和问题主要表现为新型农村合作医疗制度参与主体：政府、合作医疗服务机构、参合农民三方因自身利益而导致相互制约影响，难以形成和谐发展的运作环境这其中涉及到政府责任不到位、新农合主体制度不合理、新农合配套体系建设不完善、农民参合意愿不高等几个方面的原因，并阐述和分析了这些原因。最后，在对策研究部分就新农合制度可持续发展所面临的挑战和问题尝试性地提出了应对措施：第一，进一步明确政府责任，强化政府的制度主体地位，从加强立法保障、财政投入、监督管理三个方面来切实履行政府应尽的主体职责；第二，从新农合制度的主体制度和配套制度着手，进一步改善制度运行发展环境、建立完善可持续发展的主体制度，并完善制度设计、加快加强提高农村医疗服务质量、经办机构能力建设、医疗信息化建设等配套制度的建设发展；第三，应增强保障力度，通过建设发展农村地区社会经济、教育事业来提高农民群体的经济收入和思想文化素质从本质上来强化农民的参合意愿，并做好新农合的宣传工作、建立和加强农民利益诉求渠道、参与监管的第三方途径等辅助措施来提高农民参合意愿。新型农村合作医疗制度的可持续发展是一项长期的系统工程，需要营造一个和谐、稳定、良好的运行环境，更需要制度参与主体：政府、合作医疗服务机构、参合农民共同走出因各自利益而相互制约影响的运行困境，政府应担负起新农合制度可持续发展的主体职责来协调处理参与各方的利益关系，通过参与新农合的政府机构、医疗机构和参合农民三方齐心协力，最终形成新农合三方参与主体协调协力发展的和谐局面。