静原鸡是宁夏重要的地方品种之一,其羽色有白羽、麻羽和黑羽,因其肉质鲜美而倍受消费者青睐,然而随着外来品种鸡的侵入,使得这一优良地方品种杂化现象严重。因此,加快静原鸡的保种对保护地方畜禽种质资源具有重要意义。目前静原鸡以家系等量留种的原则开展活体保种,在极大程度上保护了静原鸡群体的遗传多样性,但其种群遗传结构、遗传背景以及种质特征基因还未系统研究,种群内3种羽色的形成机制还尚未解析。本研究通过ddRAD-seq技术鉴定静原鸡与边鸡、狼山鸡、文昌鸡、大围山微型鸡的SNPs标记,基于SNPs标记分析静原鸡与其他4个地方品种的遗传多样性和群体结构,通过选择性清除分析鉴定其特征基因,利用全基因组关联分析鉴定调控静原鸡羽色的候选基因。主要结果如下:（1）基于RAD-seq技术的静原鸡群体结构的研究本研究对白羽静原鸡、麻羽静原鸡、黑羽静原鸡、边鸡、狼山鸡、文昌鸡、大围山微型鸡共270个样品测序,共产生295.03 Gb Clean Data,Q30达到94.42%以上,比对上的reads数达到99%以上,测序深度达到10X以上,测序数据质量良好。群体遗传多样性分析表明,相对于其他4个地方鸡种,静原鸡的遗传多样性更高且受选择程度较低;群体结构分析表明,5个地方鸡种之间由于地理位置差异,无任何基因交流现象且静原鸡3个类群之间无遗传分化;有效群体大小显示,5个地方鸡种的有效群体随着地球气候变化产生波动。（2）基于ddRAD-seq技术鉴定静原鸡的特征基因本研究基于SNPs分别以边鸡、狼山鸡、文昌鸡、大围山微型鸡为对照组,以静原鸡3个类群为选择组在全基因组范围内进行选择性清除。通过选择性清除在白羽静原鸡、麻羽静原鸡、黑羽静原鸡中分别筛选出 5个（TYR、LRTOMT、NOX4、SLCO2B1、PRDM1）、7个（RB1CC1、Myc、SLA、ZEB1、ADI1、SPOCKs、NDRG1）、9 个（SLCO1C1、SLCO1B3、SLCO1A2、SOX5、ZC3H18、IL17C、CYB4、CHD7、MYO6、SLA、ADI1）特征基因,这些基因在静原鸡的生长发育、免疫、抗热性、羽色、蛋壳颜色等方面发挥重要作用。（3）静原鸡羽色全基因组关联分析本研究基于SNPs标记对静原鸡羽色进行全基因组关联分析,在白羽、麻羽、黑羽静原鸡中分别关联出66个、256个、200个SNPs标记,对关联的位点注释后筛选出调控白羽、麻羽的候选基因TYR、TH,调控黑羽的候选基因FZD6和PLCB2。综上所述,本研究结果为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础,同时为静原鸡的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。