过多的脂肪沉积是肉鸡生产过程中亟需解决的一个关键问题。腹脂沉积过多,不仅降低饲料转化效率,也有碍于肉鸡屠宰加工,还会造成一定的环境污染,大大降低消费者的满意度和生产者的经济收益。因此,减少过多的脂肪沉积是对肉鸡生产具有重要的经济意义。本实验以广西三黄鸡纯系群体的腹脂组织为研究材料,使用BS-Seq法解析高低腹脂沉积鸡的腹脂组织DNA甲基化模式的特点及其差异,试图找到影响腹脂沉积的甲基化差异基因,为进一步研究鸡腹脂沉积的遗传调控机制奠定基础。主要结果如下:(1)本研究获得了优质鸡腹脂组织BS-Seq的全基因甲基化图谱;(2)在高脂组(H)和低脂组(L)中所有基因组胞嘧啶的总甲基化水平分别为2.45%和2.46%。在H组中分别为49.50%CG,0.12%CHG和0.13%CHH的位点被甲基化,在L组中分别为49.53%CG,0.08%CHG和0.10%CHH的位点被甲基化。H组腹脂组织CG类型甲基化胞嘧啶的比例比L组低2.14%,而CHG和CHH类型甲基化胞嘧啶的比例均为L组的1.5倍,表明H组与L组优质鸡腹脂组织具有不同的全基因组甲基化特征;(3)本研究在优质鸡腹脂组织中筛选到了729个差异甲基化区域(DMRs),其中169个可定位在功能基因区域内。相对于L组,H组鸡腹脂组织中有71个DMRs的甲基化水平高于L组,有98个DMRs的甲基化水平低于L组。KEGG分析发现,差异甲基化基因富集到若干与脂肪代谢相关的通路,如Wnt信号通路、胰岛素信号通路、FoxO信号通路、甘油脂代谢、PPAR信号通路、脂肪细胞因子信号通路等。(4)通过高低脂甲基化水平的比较,挖掘到了PTRF,TAF8,EDYM2,B3GNTL2,EDSC,DYNLRB2,MIR103A1,HEP21,TRIM7.1,C17H9ORF9等调控优质鸡腹脂沉积的候选基因。(5)定量发现PTRF mRNA表达水平在高低脂优质鸡腹脂组织中差异显著,推测PTRF启动子区DNA甲基化可能影响自身基因表达,从而调控鸡腹脂沉积。