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虎的亚种识别一直是虎的分类学、系统学、保护遗传学所关注的问题。虎的亚种识别已经有了形态学、地理分布、同工酶多态性等方面的证据，但是至今一直没有一个能够准确鉴定给定个体所属亚种的方法。本论文用微卫星位点Ple46片段长度多态性、mtDNA的NADH基因序列和11个微卫星位点亚种特异性等位基因开展了一系列虎亚种鉴别方法的研究。研究发现，微卫星位点Ple46对豹猫、虎、非洲狮、豹等物种是有效的，但不能将豹猫与家猫分开；同时不能区分猞猁、云豹、雪豹、金钱豹和美洲虎等物种。Ple46也不具有虎亚种的鉴别力。在mtDNA的NADH基因上设计了华南虎、东北虎和孟加拉虎3对亚种特异性引物Al-1/Al-2、Am-1/Am-2、Ti-1/Ti-2，通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测，在3个亚种可分别得到405bp、422bp和145bp的片段。经过多个亚种、多个物种的有效性测试，证明上述3对引物可以把虎亚种的鉴别简化为0/1的判别，可以准确地识别所属亚种。通过对华南虎、东北虎和孟加拉虎11个微卫星位点群体数据的分析，找到华南虎特有等位基因16个、东北虎特有等位基因5个、孟加拉虎特有等位基因6个。以这11个位点作为判别因予进行所属亚种的判别分析，正确回判率为96.2％，其中东北虎和华南虎的正确判断率为100％。因此，利用这些特有等位基因可以有效的进行虎的亚种鉴别。