流域是一个由自然、经济和社会复合而成的巨系统，建立以流域为单元、以水资源综合开发利用为核心的流域统一管理体制是促进流域可持续发展的有效途径。长江流域作为横跨东中西三大区域，涉及19个省、市、自治区的巨系统，在国民经济发展中具有举足轻重的地位和作用。建立以长江流域为单元，以流域内不同地区协调发展为条件，以各经济主体利益优化和流域整体利益最大化为目标的统一管理体制，对改变目前长江流域分割管理的局面，协调流域内各主体的利益，促进东中西三大区域缩小发展差距，实现长江流域的可持续发展，具有重大的理论意义和直接的现实意义。本文运用比较法、静态分析与动态分析相结合、实证分析与规范分析相结合的方法，以系统论和新制度经济学的相关理论为基础，以长江流域管理体制为中心来展开研究。首先，全面阐述了流域的基本特点、流域管理体制的含义和构成、流域管理体制应遵循的基本原则；其次，回顾了长江流域管理体制演进的历程，分析了长江流域现行管理体制形成的原因，客观评价了长江流域现行管理体制的积极作用和局限；最后，在充分论证长江流域现行管理体制改革必要性的基础上，介绍了国外流域管理体制创新的成功经验，提出了长江流域统一管理体制创新的构想。本文从两个方面进行了创新探索：一是在研究内容上，与大多数学者只从某方面研究长江流域管理体制不同，本文把长江流域作为一个巨系统，从宏观管理的角度探讨长江流域的综合、统一管理体制；二是在研究方法上，根据系统论和新制度经济学的相关理论，运用实证分析与规范分析相结合的方法，论证了长江流域管理体制应该是什么样的制度安排，进而提出了制定长江流域管理法、组建长江流域管理委员会、建立行政区域管理服从流域管理的统一管理机制、建立长江流域综合开发治理咨询委员会等创新建议。长江流域统一管理体制的建立会打破现有利益格局，因而保证长江流域统一管理体制在微观上有效运行的一系列新的制度安排有待进一步研究。