科学研究是三甲医院持续发展的动力,积极的科研活动在提高医疗服务水平和促进医院可持续发展发挥着重要作用,也是衡量医院医疗水平和学术水平的重要指标。《重庆市卫生计生发展“十三五”规划》中指出要充分发挥科技核心推动力的作用,促进重庆市医疗卫生事业的发展,提高重庆市整体医疗水平。为综合评价重庆市三甲医院科研水平,评估其科研效率,发现科研发展中的问题,并提出对策和建议。首先设计了调查问卷,对重庆市32所三甲医院2013-2017年的科研投入及产出进行调查和统计分析析,了解三甲医院科研现状,分析了取得的成绩和存在的不足。再通过数据包络分析(DEA)方法对三甲医院科研效率的整体发展状况进行了评价,用Malmquist指数对医院科研效率的动态变化进行分析,评价重庆市三甲医院科研效率情况。分析结果表明重庆市三甲医院科研综合实力不断增强,承担的科研项目数、获得的科研经费、论文发表数和授权专利发展势头良好;不足为高水平科研项目较少,科研人员学历水平有待提高,高水平科研产出不足。数据包络分析结果发现三甲医院科研的投入产出状况整体上是有效的,但是存在部分医院科研效率较低,科研产出明显不足,规模效率递减等问题。结合重庆市三甲医院科研发展中的问题,就如何提高医院科研水平,提出相应建议:充分利用现有资源,实现效益最大化;合理配置科研人员,完善医院评价奖励制度;加强科研平台建设,增加高水平科研产出;强化协同创新与交流,提升科研能力;加强应用研究,促进科研成果转化;加强信息化建设,提高科研水平。