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为了研究西太平洋黑潮源区沉积物中古菌群落结构和多样性，本文应用16SrDNA文库技术，对西太平洋共享航次采集的吕宋岛以东深水区不同海域表层沉积物MUD1，MUD2，MUD3岩芯和IMAGESXIV航次采集的本哈姆高原MD06-3047岩芯中不同深度沉积物进行基因文库的构建和分析。通过研究分析，吕宋岛以东深水区MUD1，MUD2，MUD3的表层沉积物中得到208个古菌的有效克隆，分属于40个操作分类单元(OperationalTaxonomicUnits，OTUs)。经16SrRNA序列的同源性比较，绘制系统进化树，进行统计学分析，研究结果显示，吕宋岛以东深水区表层沉积物中古菌多样性较高，三个站位共包含10个古菌类群，且均属于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota)两大类，并以泉古菌居多（占总序列的89.9%）。其中，泉古菌包含MGI、MBG-C、MBG-B和CLUSTERIV共4个类群，并以MGI为优势种群（占总序列的84.6%）；广古菌包含MBG-D、DHVEG、VALIII、UEG、Halobacteriales和Methanobacteriales6个类群，各类群所占总序列比例均较低（占总序列的0.5~3.4之间）。本哈姆高原不同深度沉积物中古菌得到260个克隆，经分析处理后得到56个OTUs。基于16SrRNA序列的同源性比较，绘制系统进化树，进行统计学分析，研究结果显示，西太平洋黑潮源区的本哈姆高原(BenhamPlateau)沉积物中有丰富多样的古菌群落，在1m内的沉积物中分布着9种古菌类群。古菌序列归属于泉古菌和广古菌，并以泉古菌为主(占总序列的91.5%)。其中，泉古菌包含MGI、MBG-B、MCG和UCII-b4个类群，并且主要由MGI构成(占总序列的40.8%)，而广古菌包含MBG-D、SAGMEG、DHVEG、MBG-E和VALIII5个类群，各类群所占总序列比例均较低（占总序列的0.4%~5.4%之间）。通过不同站位古菌群落结构的对比得出，黑潮源区古菌多样性和群落结构总体呈现“北高南低”和“北热南冷”的趋势，而这可能是由于黑潮源区的南北两部分海域分别受到吕宋岛以东的近岸流和黑潮的影响造成的。研究结果对于理解西太平洋黑潮源区沉积物中古菌多样性有重要意义，并为今后研究古菌群落与环境之间的关系提供科学依据。