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生物进化的实质是对种群自然产生的变异进行选择的过程。自发突变的频率一般为百万分之一至万分之一,人工诱变是在较短的周期内获得大量有价值的突变体及优良种质的有效方法之一,对诱变后代的遗传变异及其分子基础进行研究,将对现代育种策略产生重要影响。本研究以经化学诱变的玉米(Zea mays L.) AS-9自交系为研究对象,利用SSR分子标记技术及测序技术,研究了诱变玉米自交后代的表型遗传变异及SSR多态性,获得了差异片段的DNA序列,为有效利用诱变资源奠定了良好的基础。本论文获得以下实验结果：1.SSR标记实验体系的优化和取样策略。改进了基因组DNA提取方法,优化了SSR-PCR扩增体系,PCR产物回收采用枪头直取法获得目的条带,二次PCR10个循环非目的条带数最少；对诱变玉米自交系同一单株不同叶位的SSR标记检测无差异,稳定性良好,而单果穗不同部位籽粒的植株的SSR检测是有一定多态性,采用混合取样的方法可以进行弥补2.化学诱变后代种子发芽和幼苗抗盐性的变化。M1和M4代诱变系种子的发芽率、芽长与根数与基础材料系在5%水平上差异显著；诱变后的M1代和M4代幼苗经盐处理,株高与根长在5%水平上差异显著,诱变Ⅳ400根数增加了23%,诱变系Ⅳ1600根长2、根长3分别为对照1.69倍、2.16倍。说明化学诱变后种子活力发生改变,为提高抗逆能力奠定了基础。3.化学诱变后代遗传变异的研究。利用筛选出的54对SSR引物对M1和M4代诱变系进行SSR分析： M1和M4代诱变系与对照的遗传相似系数平均值分别为0.3647和0.4346；遗传相似系数中心化后的数据在-0.02处,可将M1-M4分为四个类群,四个对照为一类,表明基础材料自交系经过自交种植4代后,没有发生遗传改变,基础材料是比较稳定的,而其他诱变系分属于另外三个类群,表明化学诱变已使玉米自交系AS-9产生了广泛的遗传变异。SSR-PCR扩增产物与数据库中序列比对发现,诱变系SSR长度的变异是由于SSR重复基元和重复次数发生了一定的变化,关于测序片段在功能基因中的作用还有待于进一步研究确定。