基于全转录组学的miR-206对肝细胞癌生长的机制研究

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肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)是肝癌的主要组织学亚型,占原发性肝癌的90%,是全世界癌症相关死亡率的第三大常见原因。MicroRNA-206(miR-206)参与人体中一系列的生物学过程例如细胞增殖、组织器官的生长及肿瘤的发生等,其与肝癌的发生发展密切相关,但其作用机制尚未完全清楚。深入了解miR-206对肝癌的作用机制,对今后肝细胞癌的诊断、治疗和预后判断都具有重要意义。目的:基于高通量测序技术探索miR-206对人肝癌细胞(HepG2)mRNA、LncRNA及CircRNA表达的影响,并初步从全转录组水平挖掘与miR-206作用密切相关的应答基因及信号通路,探讨miR-206在肝细胞癌的发生发展过程中的分子机制。方法:1.构建HepG2-miR206过表达(HepG2-OV)与其对照(HepG2-OV-NC)细胞系、HepG2-miR206敲低(HepG2-SH)与其对照(HepG2-SH-NC)细胞系,用CCK-8试剂盒检测miR-206对肝癌细胞增殖的影响;用流式细胞仪检测miR-206对肝癌细胞凋亡的影响。2.全转录组测序:取HepG2、HepG2-OV、HepG2-OV-NC、HepG2-SH、HepG2-SH-NC细胞系,分别提取其总RNA进行高通量测序,对测序结果进行系统性的分析。结果:1.在人肝癌细胞系(Hepg2)中miR-206过表达后细胞凋亡明显升高而细胞增殖明显降低,miR-206敲低后与之相反。2.通过全转录组学分析发现,与对照组相比miR-206过表达后具有显著性差异表达的mRNA有71个,其中表达上调的38个,表达下调的33个;与对照组相比miR-206敲低后具有显著性差异表达的mRNA有5876个,其中表达上调的1879个,表达下调的3997个;与miR-206过表达相比miR-206敲低后具有显著性差异表达的mRNA有76个,其中表达上调的33个,表达下调的43个。将差异显著的mRNA进行GO和KEGG分析后发现富集出现较多的通路包括氨基酸代谢过程、亚油酸代谢、谷胱甘肽代谢、氧化还原酶活性、氧转运体活性等。3.通过全转录组学分析发现,与对照组相比miR-206过表达后具有显著性差异表达的lncRNA有104个,其中表达上调的54个,表达下调的50个;与对照组相比miR-206敲低后具有显著性差异表达的lncRNA有6980个,其中表达上调的3070个,表达下调的3910个;与miR-206过表达相比miR-206敲低后具有显著性差异表达的lncRNA有108个,其中表达上调的55个,表达下调的53个。将差异显著的LncRNA进行GO和KEGG分析后发现富集出现较多的通路包括G蛋白偶联受体活性、赖氨酸降解、甘油脂代谢、PPAR信号通路、亚油酸代谢、自噬调节等。4.通过全转录组学分析发现,与对照组相比miR-206过表达后具有显著性差异表达的CircRNA有47个,其中表达上调的20个,表达下调的27个;与对照组相比miR-206敲低后具有显著性差异表达的CircRNA有499个,其中表达上调的143个,表达下调的356个;与miR-206过表达相比miR-206敲低后具有显著性差异表达的CircRNA有44个,其中表达上调的21个,表达下调的23个。将差异显著的CircRNA进行GO和KEGG分析后发现富集出现较多的通路包括细胞代谢过程、脂肪酸生物合成、MAPK信号通路、癌症中的转录失调、Fox O信号通路等。结论:1.miR-206可抑制人肝癌细胞(HepG2)的增殖,促进细胞凋亡;2.miR-206可显著影响人肝癌细胞(HepG2)部分mRNA的表达,其对人肝癌细胞增殖及凋亡的影响可能与其调控相关靶基因的表达有关;3.miR-206可以影响肝癌细胞系(HepG2)一些LncRNA的表达,可能通过调控LncRNA的表达影响人肝癌细胞增殖、凋亡。4.miR-206可以影响肝癌细胞系(HepG2)CircRNA的表达,但对肝癌细胞生长调控的作用机制尚不清楚。
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