中医药学是中国劳动人民在长期与疾病斗争的实践中的智慧结晶,几千年来为中华民族的健康和繁衍昌盛做出了重大贡献,在世界医学发展史上有着举足轻重的影响。要使中医药学迈向国际化、信息化、科学化,运用数学方法描述中医药学基础理论,使中医药理论上升到数理层面,便于世人的学习、应用和认可是可选途径之一。许多中医领域的学者致力于中医药学基础理论的数理研究,并已取得一定的成果,他们所采用的多为数理统计和模糊数学等经典数学的方法。本文的研究引入并应用粗糙集理论方法对病历进行挖掘和信息提取,根据阴阳问题的特点提出两阶段约简算法,在项目试验中取得较好的效果。在提取信息的基础上进一步探寻“三阴三阳”的内在联系和转化关系,进而运用隐马尔可夫模型原理完成阴阳理论的数学描述。在具体算法中引入模糊系数等概念,使之更切合中医药学理论的实际。在五行问题处理上,运用一阶谓词对五行之间的微妙关系进行描述,有着一定的应用前景和基础性的开拓意义。阴阳理论的数学描述与《伤寒论》等医典描述结果基本相吻合,这充分说明所使用数学方法的可行性和实用性,本研究为中医药学理论的数理化描述做了有益的探索。该研究所实现的阴阳理论计算机统计分析系统为进一步的研究打下了坚实的基础。研究的总体设计思想采用非线性复杂自适应系统的原理和方法,是中医药学理论数理化的一次重要尝试。