改革开放以来,农业问题一直是我国发展中的大问题,但农业生产中的主要矛盾已经从总供给不足转变为结构性矛盾,其主要表现为供需错配,随之而来的还有生产成本增加、大量资源浪费、农业发展速度减缓,这是全面建成小康社会必须要解决的问题。要解决农业生产中的结构性矛盾,必须全面铺开进行农业供给侧结构性改革:矫正要素的扭曲配置、扩大有效供给、减少库存、降低生产成本等等,涉及农业生产的方方面面,然而目前大量文献都只是从少数几个角度来分析农业供给侧,极少有人能够全方位、多角度地分析和指导农业供给侧结构性改革。本文运用复杂性系统科学的相关理论对农业供给侧结构性改革做深入的系统分析,由浅入深推断出结构性问题的核心以及改革的主要方向,这是本文的创新点。本文从复杂性系统科学相关理论着手,把农业供给侧视为一个复杂系统来做深入的分析。农业供给侧系统要素众多,其中最重要的是四大要素:土地、劳动力、资本、科技创新,现在这四大要素自身都出现了各种各样的问题,导致系统原有的结构不再稳定,发挥不出应有的功能,也适应不了环境。农业供给侧系统不适应环境,结构僵化,也会反作用于要素,使其问题恶化。所以农业供给侧系统的核心问题就是与需求侧不匹配,改革的重点就是要通过体制改革充分发挥市场竞争机制,让系统进行自组织演化以适应环境。在农业供给侧结构性改革的过程中,政府应该以市场为导向积极实施宏观调控政策:减少对市场的束缚,引导市场向正确的方向发展,让市场自由竞争正常进行。农业供给侧结构性改革在具体的实施过程中,不仅要从各个单一要素配置最优化来考虑,还要从全要素驱动来考虑;不仅要考虑到系统的各个要素,还要考虑到系统的整体。系统思维为研究农业供给侧结构性改革提供了一种新思路、新方法,它可以准确分析农业供给侧系统的全局和局部,把握改革的核心,这对于正在进行的农业供给侧结构性改革具有重要的理论意义和现实意义。