MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病竞争性内源RNA网络构建及特征性分子标志物识别

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xuhuangyun1118
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的检测肌球蛋白结合蛋白-C(Myosin Binding Protein-C,MYBPC3)基因突变家族性肥厚型心肌病患者差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,m RNA),构建lnc RNA-mi RNA-m RNA竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)调控网络,探讨MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病可能的分子机制,识别特征性分子标志物。方法1利用RNA-seq技术,检测MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病患者差异表达的mi RNA(differentially expressed micro RNA,DE-mi R)、差异表达的lnc RNA(differentially expressed longnoncoding RNA,DE-lnc R)和差异表达的m RNA(differentially expressed messenger RNA,DEG)。2使用Target Scan和mi Randa数据库预测DE-mi R的m RNA靶基因,将预测得到靶基因m RNA与DEG取交集,得到mi RNA-m RNA调控网络。3使用mi Rcode和star Base数据库预测与DE-lnc R结合的mi RNA,将预测得到mi RNA与DE-mi R取交集,得到lnc RNA-mi RNA调控网络。4利用cytoscape软件将mi RNA-m RNA调控网络、lnc RNA-mi RNA调控网络整合,形成lnc RNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络;通过Gene Ontology和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes数据库分析ce RNA网络中m RNA功能。5统计ce RNA调控网络中各节点的度,由高到低排序筛选前10%作为关键基因,识别MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病可能的特征性分子标志物。结果1共筛选出520个DE-lncRs、32个DE-miRs和371个DEGs。2 MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病相关lnc RNA-mi RNA-m RNA ce RNA调控网络包括8个lncRNA节点(AC064834.3、LINC00310、RP1-80N2.3、RP11-121C2.2、RP11-252I13.2、RP11-443N24.2、RP11-66N24.4和RP11-753A21.2)、3个mi RNA节点(hsa-mi R-103a-3p、hsa-mi R-146b-5p和hsa-mi R-122-5p)、22个m RNA节点和34条连接边对应RNA之间的相互作用,共存在42个lnc RNA-mi RNA-m RNA关系对。对ce RNA调控网络中m RNA的富集分析表明,folic acid metabolic proces、response to hormone分子功能项和metabolism of folate and pterines通路项明显富集。3得到5个MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病可能的特征性分子标志物:RP11-66N24.4、LINC00310、hsa-mi R-146b-5p、hsa-mi R-103a-3p、hsa-mi R-122-5p;在MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病相关lnc RNA-mi RNA-m RNA ce RNA调控网络中,筛选出以5个特征性分子标志物为核心的ce RNA调控网络:lnc RNA(RP11-66N24.4)-mi RNA(hsa-mi R-146b-5p)-m RNA(SRF);lnc RNA(LINC00310)-mi RNA(hsa-mi R-122-5p)-m RNA(SRF);lnc RNA(LINC00310)-mi RNA(hsa-mi R-103a-3p)-m RNA(RIPPLY1/KCNJ8/RAB41/AC005606.1/CCBE1);lnc RNA(RP11-66N24.4)-mi RNA(hsa-mi R-122-5p)-m RNA(NUDT19);lnc RNA(RP11-66N24.4)-mi RNA(hsa-mi R-103a-3p)-m RNA(SLC19A1/MTHFD2L/AC005606.1/KCNJ8/TUB/ADGRL3/CCBE1/DUSP16)。结论1 MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病存在lncRNA-mi RNA-m RNA ce RNA调控网络:lnc RNA(AC064834.3、LINC00310、RP1-80N2.3、RP11-121C2.2、RP11-252I13.2、RP11-443N24.2、RP11-66N24.4和RP11-753A21.2)可能通过调控mi RNA(hsa-mi R-103a-3p、hsa-mi R-146b-5p和hsa-mi R-122-5p)影响m RNA表达。2 RP11-66N24.4、LINC00310、hsa-mi R-146b-5p、hsa-mi R-103a-3p、hsa-mi R-122-5p,有望作为MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病特征性分子标志物。在MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病相关lnc RNA-mi RNA-m RNA ce RNA网络中,筛选出的以特征性分子标志物为核心的ce RNA网络,可能在调控MYBPC3基因突变家族性肥厚型心肌病的分子机制中起着关键作用。
其他文献
一、肝内胆管癌患者T-cadherin、Arp2蛋白表达的临床意义目的:通过分析肝内胆管细胞癌、癌旁组织中T-钙黏附蛋白(T-cadherin)与肌动蛋白相关蛋白2(Arp2)的表达差异,探讨两种蛋白的表达与肝内胆管癌的临床病理因素及预后之间的相关性及临床意义。方法:收集32例肝内胆管癌及癌旁组织的术后石蜡标本及4例新鲜肝内胆管癌组织,并随访其术后生存时间获得预后资料。通过免疫组织化学SP法检测3
目的:研究发现肠道菌群与心力衰竭发病机制密切相关,调控肠道菌群及其代谢产物有望成为心力衰竭治疗的新靶点。本研究探讨射血分数降低型心力衰竭(Heart Failure with reduced Ejection Fraction,HFr EF)、射血分数中间型心力衰竭(Heart Failure with mid-range Ejection Fraction,HFmr EF)、射血分数保留型心力衰
第一部分大鼠放射性肠纤维化的模型改进和多光子成像目的:结直肠放射性纤维化仍缺乏简易稳定的模型和及时精准的评估方法。本研究拟探讨CT模拟定位、尾侧抬高和降低放射野上界的改良放射方案对大鼠直肠放射性纤维化的建模成功率的影响,并探索多光子成像评估大鼠直肠放射性损伤和纤维化的可行性。材料与方法:60只Sprague-Dawley(SD)大鼠以1:3:2随机分成空白对照组、传统放射组和改良放射组。放射组采用
目的通过术前超声造影联合术中亚甲蓝染色法与单纯术中亚甲蓝染色法的对比,探讨将超声造影运用于早期乳腺癌前哨淋巴结活检和术前腋窝评估的临床价值。方法收集2018年10月至2019年12月期间福建医科大学附属第二医院乳腺外科收治的64例穿刺病理活检诊断为早期乳腺癌的患者,半随机分为A、B两组。A组为试验组(n=32):术前经超声造影检查判断腋窝淋巴结性质,示踪前哨淋巴结并体表定位,术中联合亚甲蓝法定位前
目的:尿道狭窄的治疗是泌尿外科医生困扰的难题之一。无论是腔内切除或是药物治疗的疗效都不明显。目前有文献报告间充质干细胞(MSC)用于治疗尿道狭窄取得了一定的疗效,但是其作用的分子机制还未阐明。本研究利用IL-1β诱导人脐带血来源的间充质干细胞外泌体作用于新西兰兔尿道狭窄模型,研究其作用及可能的分子机制。方法:运用超高速离心法提取MSC的外泌体,验证外泌体表型蛋白、粒径检测及电镜观察外泌体形态。使用
背景:心房颤动(简称房颤,AF)是临床上最常见的心律失常之一。经导管射频消融术虽然在不断的进步,但是仍有一定的术后复发率。生物标志物如NT-pro BNP与房颤复发相关,但现有房颤复发风险评分没有纳入生物标志物。探讨包含生物标志物的ABC评分与房颤导管消融术复发的关系,指导临床医生更好的筛选手术病例,提高手术远期成功率。目的:探讨ABC评分与心房颤动导管消融术后复发的关系及预测价值。方法:回顾性研
目的研究老年食管鳞状细胞癌患者的同步放化疗和单纯放疗的预后因素,并确定放化疗的疗效。材料和方法回顾分析2004年9月-2015年12月10所医疗机构729例接受单纯放疗和放化疗的老年食管鳞状细胞癌患者的临床资料。统计分析总生存率和与生存相关的临床特征。倾向评分匹配分析用于平衡同步放化疗组和单纯放疗组之间基线特征的差异,以确认生存率的差异。结果糖尿病、原发肿瘤体积、原发肿瘤部位、T分期、N分期,M分
目的探讨药物治疗和保守治疗对早产儿动脉导管未闭(patent ductus arteri osus,PDA)近期临床结局的影响,为更加合理规范地管理早产儿PDA提供证据支持。方法选取福建省妇幼保健院新生儿科2014年1月1日至2019年11月30日收治的生后72小时经超声心动图证实存有PDA的早产儿作为研究对象,依据纳入和排除标准进行筛选,纳入标准:(1)出生体重≤1500g;(2)生后72小时诊
目的:后路单开门椎板成形术为治疗颈椎后纵韧带骨化(ossification of posterior longitudinal ligament,OPLL)的常用术式,其原理是通过把一侧的颈椎椎板打开使椎管扩大,为脊髓提供足够的漂移空间,从而达到脊髓减压的目的。然而,后路椎板成形术并不能直接切除来自脊髓腹侧的骨化物压迫。尤其是对于颈椎管高侵占率OPLL(椎管侵占率≥50%)患者,目前文献报道的手术
目的:研究射血分数保留型心衰患者血压变化情况及血脂代谢水平的临床特点。为进一步认识射血分数保留型心衰(HFpEF)提供临床依据及参考。方法:选择2018年1月至2019年12月就诊于福建医科大学附属泉州市第一医院经纳入和排除标准最终筛选收集102例研究对象,男性75例,女性27例。其中确诊为射血分数保留型心衰(HFpEF)患者45例作为病例组,其中男性31例,女性14例,年龄分布41至92岁,平均