犬细小病毒病是由犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)引起的一种犬的高度接触性、致死性传染病。自1978年CPV-2在美国首次发现以来,其遗传变异速率快,宿主范围持续变化,使其在检测、预防与治疗方面的困难显著增加。在我国,多个地区开展了针对犬细小病毒遗传变异情况的研究,而安徽地区的资料较少。所以对安徽地区犬细小病毒的流行情况的调查和全基因组序列分析并建立针对目前流行株的荧光定量检测方法变得十分必要和迫切。本研究在2018至2019年从安徽部分地区多家动物医院采集疑似犬细小病毒感染犬粪便或肛门拭子。根据NCBI上CPV VP2基因保守区域设计一对引物,从而对粪便样品进行鉴定并对阳性样品的CPV毒株进行分型。从阳性样本中选取10株进行全基因组克隆并对其序列进行遗传变异分析。设计针对目前流行毒株的SYBR greenⅠ荧光定量PCR检测引物,从而建立检测方法。结果表明共检测出31份阳性样本,其中New CPV-2a为3株,占总体9.68%;New CPV-2b为1株,占3.23%;CPV-2c为27株,比例为87.1%。10株CPV全基因组序列分析结果表明,从总体来看,CPV安徽分离株之间亲缘关系较近,形成单系群,与国外分离株较远。并且CPV-2a和CPV-2b亚型形成独立分支,CPV-2c亚型形成另一独立分支。NS1基因和VP2基因在遗传进化分支中出现不同步现象,为基因重组提供了依据。CPV安徽分离株在NS1上出现了D358N、A587T和V596A三个以前未发现的突变。发现了两种新的右端发夹二级结构,可能对病毒的复制产生影响。NS1基因发现两个潜在阳性选择位点。本研究建立了一种针对犬细小病毒安徽分离株的SYBR greenⅠ荧光定量PCR检测方法,能检测到5.407×10~1拷贝数/μL的病毒核酸,其特异性、敏感性和重复性较好。综上,安徽部分地区CPV主要流行毒株为CPV-2c亚型,同时New CPV-2a和New CPV-2b共同参与循环。本研究丰富了安徽地区CPV流行病学资料,对CPV安徽株遗传变异情况进行了深入研究,并对CPV诊断提供了可靠的荧光定量PCR诊断方法。