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近年来,随着分子生物学技术在病毒学研究中的广泛应用,多种新的病原在猪群中被发现,尤其是小DNA病毒直接或间接地给养猪业带来了巨大的危害。猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、猪细环病毒(Porcine torque sus tenovirus,TTSuV)以及猪博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)都属于小DNA病毒,其基因组序列全长均在1.7kb-5.9kb之间。目前对于TTSuV和PBoV的直接致病性和复制机理尚不清楚。许多研究表明,在患有PMWS的病猪中,TTSuV和PBoV的检出率明显高于正常猪群,可能这三种小DNA病毒之间存在着某种协同作用。本研究分别对疑似PCV2感染病猪的不同组织脏器进行PCV2、TTSuV和PBoV的PCR检测,以期为后续研究这三种小DNA病毒在引发疾病方面是否存在协同作用奠定基础,同时也为研究TTSuV和PBoV的发病机制提供一定的依据。本研究对江西省11个县市采集到的疑似猪圆环病毒2型感染的不同阶段同一病猪的肺脏、脾脏、小肠、腹股沟淋巴结和血液样品169份分别进行PCV2、TTSuV和PBoV的PCR检测,检测结果显示,PCV2、TTSuV和PBoV在江西地区猪群普遍感染,且不同地区的感染率不一。PCV2阳性病料数为165份,阳性率为97.63%;PBo V阳性病料数为77份,阳性率为45.56%;TTSuV阳性病料数为85份,阳性率为50.3%,其中TTSuV1的阳性率为21.3%(36/169),TTSuV2的阳性率为40.83%(69/169),TTSuV1和TTSuV2的共感染率为11.83%(20/169)。PCV2和PBoV共感染样品数为77份,感染率为45.56%,PCV2和TTSuV共感染样品数为83份,感染率为49.11%,PBoV和TTSuV共感染样品数与PCV2、PBoV和TTSuV三者共同感染样品数均为43份,感染率为25.44%。为了解三种小DNA病毒在不同生长阶段的感染情况,本研究对169头各生长阶段猪的组织样品进行三种小DNA病毒的检测,结果显示,PCV2在不同生长阶段的检出率均在95%以上,其中育肥猪检出率达到了100%;PBoV在保育猪中的检出率最高,其次是哺乳猪和育肥猪;TTSuV在育肥猪的检出率最高,检测率会随着日龄的增长而升高。为了解三种小DNA病毒在不同组织器官中的感染情况,本研究对169头猪的不同组织器官分别进行三种小DNA病毒的检测,结果显示,在165份PCV2阳性样品中,腹股沟淋巴结中的阳性样品数最多,为146份,阳性率达到了88.48%,阳性率最低的为小肠(112/165,67.88%);在77份PBoV阳性样品中,阳性率最高的为脾脏(46/77,59.74%)和小肠(44/77,57.14%)最低的为血液(36/77,46.75%);不同组织器官中TTSuV、TTSuV1、TTSuV2以及TTSuV1和TTSuV2共感染的检出率呈现出相同的趋势,血液中的检出率显著高于其他组织器官。参考GenBank公布的序列设计一对PBoV NP1基因扩增引物,通过T-A克隆、序列测定与拼接获得了3株PBoV NP1基因序列,长度均为657 bp。系统进化树表明,试验获得的三株猪博卡病毒NP1基因在同一分支上,与中国湖北SX株(HQ223038)和上海H18株(HQ291308)亲缘关系近,与引入的人博卡病毒、猩猩博卡病毒、犬细小病毒、牛细小病毒以及猪细小病毒属于不同的分支,亲缘关系较远。所引入的猪博卡病毒毒株形成三个分支,不同分支之间的亲缘关系较远。试验获得的三株猪博卡病毒NP1基因选取一株PBoV NP1基因序列JA/JX/NP1进行蛋白分析发现,JA/JX/NP1编码蛋白含219个氨基酸,该蛋白抗原性较好,抗原位点主要位点1-94、100-114、119-166、195-207处。JA/JX/NP1编码蛋白亲水性较好,大部分区域为亲水性,亲水性较大的区域主要是:1-93、99-156、159-170、172-205等。