尽管金融危机的影响范围正在逐渐缩小,但是我国经济的增长幅度却深受此次危机的影响,我国也在寻求新的经济增长方式。长期以来,我国的经济增长主要依靠的是低廉的人工成本,如果想摆脱这种增长模式的话,就需要增加研发投入,实现产品的自主创新,从而进入全球价值链的高端环节,以取得更长期、更稳定的快速发展。从国际经验来看,为了提升自主创新能力国家主要采取财政补贴以及税收优惠两种手段。医药制造业属于知识密集型产业,对于我国整体的自主创新能力的提升有着举足轻重的作用。但是目前我国的医药制造业的核心技术持有量不高,并且没有重量级的创新类药物,这使得我国的整体核心竞争力受到了很大的影响。产生诸多问题的原因是多方面的,但是国家所给予的政策倾斜是直接关系到整个产业自主创新能力提升重要的一个方面。而我国目前在这个方面的研究还比较落后。对财税激励政策提升医药制造业自主创新能力有效性研究以财税激励政策为自变量,自主创新能力提升为因变量,探讨了财税激励政策与医药制造业自主创新能力提升之间的关联关系。首先介绍了相关背景以及国内外研究现状,并以内生增长理论、凯恩斯理论、期望激励理论以及强化激励理论为财税激励政策对自主创新能力的影响提供理论定位；其次比较了美国、法国、日本以及我国对于提升医药制造业自主创新能力的财税激励政策,并对财政激励政策、税收激励政策以及企业自身三个方面的影响因素进行了分析,运用理论研究与实证研究相结合的研究方法,通过问卷调查、相关性方程以及灰色系统关联模型三种方式分别得到了对现有针对医药制造业自主创新能力提升的财税激励政策满意度的评价、财税激励政策与医药制造业自主创新能力之间的关联程度以及财税激励政策对医药制造业自主创新能力提升有效性的排序；最后根据计算的结果说明了医药制造业自主创新能力缺乏有效财税激励政策三个方面的原因,分别提出了对应的提升财税激励政策有效性的对策。通过研究结果发现主营业务税金及附加、所得税和增值税对于医药制造业自主创新能力的激励效果要好于政府投入对医药制造业自主创新能力的激励效果；由于税收激励政策对于新产品销售收入和研发支出的激励作用并不明显,所以税收激励政策的激励有效性仍然需要进一步提高。