在企业发展的过程中,商业秘密是企业奠基之本,因此必须妥善加以保护。而企业保护商业秘密时,主要从企业本身及相对人两方面着手,其中,相对人的部分则包括企业内部人员与外部人员。员工就是企业保护商业秘密的内部重要环节,为了扩大保护力度,企业往往采取各种监督手段来控管员工,例如监听电话、监控电子邮件及上网历程、签署保密协议及竞业禁止条款…等。然而,从经济实力的强弱势相比较,员工属于经济上的弱者,因此,为了保障员工人格权、工作权、隐私权、言论自由与秘密通讯自由等基本权利,兼顾保障企业营业权与财产权,则必须探讨企业为了保护商业秘密所采取的手段是否符合法律规范,并且讨论是否符合比例原则,以调和企业基本权利与员工基本权利的冲突,寻求制度面及法益面的双赢。本文从结构上来说,除了前言和结语外,共分为四个部分,主要内容如下：第一章“企业商业秘密保护的概念”,主要说明商业秘密的概念、企业对于商业秘密的保护、员工基本权利的保护以及二者之间的两难与调和。第二章“员工基本权利保护的概念”,主要是了解何谓是基本权利,与企业保密相关的员工基本权利有那些。第三章“企业商业秘密与员工基本权利保护的调和”,主要是了解企业对商业秘密保护与员工基本权利保护之间的冲突点,然后讨论如何加以调和,并以境外立法例作说明。第四章“如何完善我国法制”旨在说明我国法制现况,以及针对企业商业秘密与员工基本权利的保护之调和进行说明,最后,从而检讨未来的修法方向,提出建议。