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利用Roche454GS FLX高通量测序技术，进行钝吻黄盖鲽微卫星位点筛选，获得了51486条高质量序列，利用MISA进行SSR位点的搜索，共得到5641个微卫星位点。采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析，得到247种多态性位点，其中完美型占52.22%，非完美型占20.24%，复合型占27.54%，(AC)n、(AG)n两碱基重复类型的比例是44%，重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物，采用5个野生个体，利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价，4个位点偏离Hardy-Weinberg，不同位点得到的等位基因范围为3~8，平均等位基因数目为5。平均观望杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）以及平均多态性信息含量（PIC）分别是0.5882、0.7882和0.67。本研究结果不仅表明454GS FLX提供了一种直观、高效开发微卫星的方法，同时开发的微卫星位点将为钝吻黄盖鲽种群多样性研究、家系识别和种质鉴定提供有效的工具。利用17对微卫星荧光引物(FAM, HEX, or TAM)分析了来自北朝鲜近海钝吻黄盖鲽野生群体和烟台养殖群体的遗传多样性。17个微卫星位点共得到221等位基因，平均PIC (polymorphic information content)(>0.5)表明17个微卫星的位点具有较高的多态性，能够有效的作为遗传结构的的分析。各个位点的等位基因数介于3-12之间，野生群体和养殖群体平均等位基因分别是5和8，两个群体的平均期望杂合度(He)分别是0.8118和0.77、平均观测杂合度(Ho)是0.6824和0.6263。野生群体PIC值的范围为0.530to0.8230，养殖群体PIC值的范围为0.375to0.8392。只有野生群体的一个微卫星位点(PTH8)处于HEW状态，其他所有的位点y由于杂合子过剩而偏离了HEW。两个群体间的平均Nei’s Fst值,遗传相似性和遗传距离分别是0.1276,0.1637和1.8095在S.M.M.模式下，养殖群体出现了遗传瓶颈（bottleneck）(P<0.05)，但是在I.A.M.模式下，两个群体都未出现遗传瓶颈。所有的结果表明两个群体的遗传多样性基本处于相同水平，两个群体之间存在遗传分化。根据近缘种引物通用的特点，筛选近缘物种的通用微卫星分子引物是目前大量开发微卫星标记的重要方法，具有方法简便、花费低廉等优点。本研究将454GSFLX开发的钝吻黄盖鲽的17个微卫星引物用于其他10种物种进行PCR扩增，9个微卫星引物在所有物种成功扩增，PTH7位点只能在其他三种物种中通用，油鲽只得到12个通用微卫星引物。利用筛选的9个通用微卫星引物对斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽三个群体的遗传多样性进行分析，45个个体中每个位点的等位基因范围为3-16，期望杂合度（He）在斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽野生群体的范围分别是0.3648-0.8、0.5391-0.8897和0.6444-0.9778，观测杂合度在斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽野生群体的范围分别是0.3077-1、0.55-1和0.2-1，PIC值在斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽三个野生群体的范围分别是0.3361-0.7362、0.4121-0.8545和0.535-0.868.三个扩种种群间的Fst值范围是0.1190-0.2368，遗传相似性范围是0.0523-0.7834、遗传距离范围是0.2442-2.6909.结果表明扩种引物筛选筛选微卫星引物是一种可行的的方法。