随着知识经济时代的到来，大学被赋予了更广泛的使命，其中，大学横向科研是其服务社会的重要途径。因此，如何更好地发展横向科研，已成为学界甚至企业界重点关注的问题之一。 本文在肯定我国大学横向科研成就的同时，指出了原有模式存在的问题；根据问题所涉及的主体，找到横向科研矛盾的三个突出方面，即大学与企业的矛盾、大学与学术人员的矛盾以及企业与学术人员的矛盾。借助经济学、管理学的相关理论，本文对三对矛盾分别作了深入剖析，揭示了大学与企业的矛盾源于两种组织的不同性质，大学与学术人员的矛盾源于激励机制的设置不当，企业与学术人员的矛盾源于信息不对称。在借鉴国外利用接口组织促进横向科研发展经验的基础上，本文构建了适合我国国情的一体化公司新模式以推动大学横向科研，进而揭示并论证了新模式的四大特征，即：(1)有利于对学术人员采取有效的激励和监督；(2)有利于节约交易费用；(3)有利于组织和协调，承担重大横向科研项目；(4)有利于降低大学的风险。最后，本文探讨了新模式以合同管理为中心的运行机制，并从合同定价、合同谈判、项目管理及收益分配四个方面进行了探究。 本文构建的横向科研管理新模式，是解决我国横向科研现存问题的一种思路，对促进大学横向科研发展可望提供借鉴。