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科学合作日益成为当代科学研究的主流方式,成为发展大科学和解决全球化问题的主要途径。国内外各种科研组织和科研机构都参与到合作研究当中来,合作关系的建立逐渐成为提高成果产出能力的重要因素。科学合作不仅为科研人员提供了获取专业成就和增长知识的方法,还提供了获取科学资源和建立科学界精英之间学术交流网络的有效途径。本文所研究的对象是合作的中观层面,即研究大学、科研院所、企业、政府等机构之间的合作情况,并尝试对一具体学科领域进行相关研究。生物信息学是一门整合了生物学、统计学、应用数学和计算机科学的新兴交叉学科,是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,其发展情况受到来自生物学、统计学、数学、计算机科学等多个学科研究人员与科研管理部门的关注。因此本文选择生物信息学领域机构进行合作网络研究,以揭示生物信息学领域国内外机构合作网络整体发展情况,分析机构合作与论文学术影响力相关性,探讨影响机构合作的可能因素,为促进国内机构合作提供建议。本文以1986-2013年SCI数据库中的生物信息学领域论文作为数据样本,以论文合作者的单位作为节点,以合作关系为机构之间连接的边,构建生物信息学领域机构合作网络。首先,本文从时间维度上对国际及国内机构合作网络进行研究,通过建立三个时间段的机构合作网络以及对比分析各阶段网络整体特征指标、中心性以及小团体,揭示了生物信息学领域国际与国内机构的发展与合作情况,并获得国际与国内高影响力机构；其次,本文通过机构合作程度以及国际合作形式与论文学术影响力进行相关性分析,发现提高机构合作度以及国际合作都能够在一定程度上提高论文的学术影响力,并且分析了机构合作的最佳规模以及最佳的机构国际合作规模；最后以具有代表性的美国、英国、日本、中国这四个国家的机构合作网络为对象,分析了影响机构合作的可能因素,最终结合影响因素以及国内机构合作存在的问题提出促进国内机构合作的相关建议。通过本文的研究,能够更好地了解生物信息学领域机构合作整体状况,并且通过对机构合作与论文影响力的探讨及影响机构合作的可能因素的分析,对促进我国科研机构合作的广度与深度,提高机构论文产出质量与影响力具有一定的借鉴意义。