目前,在‘龙安柚’的主要栽植区,不同栽培管理水平、不同产销情况的果园均存在明显的果形差异（形状与果形指数:梨形果1.00-1.25、圆形果0.66-0.90、长形果1.25-1.50）,果形差异造成的良果率低,成为制约‘龙安柚’产业发展的重要因素之一。同时目前对该问题的成因缺乏系统有效的研究,更没有有效的果形矫正措施。本试验旨在对果形关键分化期的不同果形‘龙安柚’进行转录组测序、数据挖掘和内源激素含量测定,通过数据库比对、聚类等手段,找出果形相关关键代谢通路,探究果实内源激素、关键代谢通路、果实形态建成间的内在联系,探讨果形差异的成因;以期为‘龙安柚’果形调控提供理论和实践支持,从而使‘龙安柚’生产中获得果形均一、品质优良的果实,进而有效地推动‘龙安柚’产业健康发展。以三种不同果形的‘龙安柚’为试验材料,选择了果形分化出现的两个时期,进行了转录组测序和植物内源激素测定。通过对转录组数据的深入挖掘,主要得出以下结论:1、采用转录组测序技术,研究了三种不同果形‘龙安柚’相关基因的差异表达,共获得获得了4.48亿clean reads和124.41Gb的转录组测序数据,超过93.20%的reads达到Q30。8.4436万条unigenes的平均长度为860.69 bp,共有49,266条Unigene在公共数据库中有对应信息,占Unigene总数的58.35%,被注释到数据库的unigenes在总unigenes中占比分别为COG 20.24%、GO 30.18%、KEGG 18.20%、KOG 29.93%、Pfam 40.95%、Swissprot 27.93%、egg NOG 50.88%、nr 44.70%。对‘龙安柚’转录组所有Unigene的CDS进行预测,共通过blast比对获得CDS序列57 191个,利用ESTscan数据库中进行分析,可获得CDS序列17 938个。梨形果和长形果即P＿1和D＿1共有633个差异表达基因,其中142（22.43%）个上调基因,491（77.56%）个下调基因;梨形果和圆形果即P＿1和R＿1共有2242个差异表达基因,其中684（30.51%）个上调基因,1558（69.49%）个下调基因;圆形果和长形果即R＿1和D＿1中有988个差异表达基因,其中739（74.79%）个为上调,249（25.20%）为下调基因;2、为探究‘龙安柚’三种果形差异形成的具体原因,根据转录组测序数据,对花后30天的长形果、圆形果涉及的植物内源激素信号响应、植物病原体互作途径进行了分析。获得了24.2亿clean reads和67.29Gb的转录组测序数据,超过93.55%的reads达到Q30。同时,在长形果、圆形果分别筛选出了633和2242个差异表达基因。在这些差异调控通路中,有30个共同的代谢通路,其中包括有植物激素信号响应（KO 04075）和植物病原体互作（KO 04626）的途径。KEGG通路分析发现,与梨形果相比,圆形果和长形果的植物激素信号响应（KO 04075）通路中中分别有11和32个差异表达基因,在植物病原体相互作用（KO 04626）通路中分别有14和35个差异表达基因。具有不同的表达模式的基因包括了编码生长素输入载体AUX1、生长素响应蛋白IAA、生长素响应因子、GH3基因家族、SAUR家族蛋白、双组分反应调节剂ARR-B/ARR-A家族、F-box GID2赤霉素受体蛋白、DELLA蛋白质、蛋白磷酸酶2C、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SRK2、ETR乙烯受体、乙烯不敏感蛋白3、EIN3结合F-box蛋白、BR信号激酶、油菜素类固醇抗性1/2、调节蛋白NPR1I等的基因,这些基因与‘龙安柚’出现三种果形关系密切。3、影响‘龙安柚’果实外观形态建成的基因主要在花后30天左右的幼果期表达,在花后60天时表达量很少。三种果形的‘龙安柚’,长形果与梨形果的基因表达模式更相近。相比长形果,圆形果中影响果形的差异基因有更高的表达丰度和活跃数量。4、影响果形的差异表达基因主要富集在植物病原互作,植物激素信号转导等相关的通路中。植物激素信号转导相关的基因表达水平与果实内部的内源激素水平呈正相关。5、在同一栽培管理环境下,‘龙安柚’出现三种差异明显的果形的重要原因是植物内源激素响应和植物病原互作途径相关的基因出现了差异表达,影响了果实横向生长和纵向生长进行的程度,最终出现了三种明显的果形差异。